[发明专利]基于CRISPR-Cas去除宿主基因组DNA的宏基因组提取方法在审
| 申请号： | 201910405034.1 | 申请日： | 2019-05-15 |
| 公开（公告）号： | CN110205318A | 公开（公告）日： | 2019-09-06 |
| 发明（设计）人： | 欧阳川;韩序;王珺;贾天梅 | 申请（专利权）人： | 杭州杰毅生物技术有限公司 |
| 主分类号： | C12N15/10 | 分类号： | C12N15/10;C12N15/113;C12N9/22 |
| 代理公司： | 浙江千克知识产权代理有限公司 33246 | 代理人： | 黎双华 |
| 地址： | 310030 浙江省杭州市西湖区三墩镇*** | 国省代码： | 浙江;33 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种基于CRISPR‑Cas系统组合物特异减少或去除宿主基因组DNA的宏基因组提取方法。本发明旨在提供一种在宏基因组测序中降低宿主基因组DNA背景、提高其余微生物有效测序数据的技术。所述方法中的CRSIPR‑Cas系统包括多个crRNA或crRNA/tracrRNA衍生物、以及带有生物素标记的核酸内切酶活力缺失的Cas蛋白或其变体蛋白。crRNA或crRNA/tracrRNA衍生物的序列与宿主基因组DNA中的重复序列Alu元件区域(靶序列)互补，借此引导核酸内切酶活力缺失的Cas蛋白或其变体结合在宿主基因组DNA上，再通过加入包被有链霉亲和素的磁珠捕获CRISPR‑Cas系统和其结合的宿主DNA，以此消减样品溶液中的宿主基因组DNA的浓度，并提高其他非宿主基因组DNA的核酸的丰度。 | ||
| 搜索关键词： | 宿主基因组 宏基因组 核酸内切酶 去除 蛋白 链霉亲和素 生物素标记 变体蛋白 测序数据 样品溶液 元件区域 重复序列 宿主DNA 靶序列 包被 变体 测序 磁珠 丰度 核酸 消减 捕获 微生物 | ||
【主权项】：
1.一种基于CRISPR‑Cas去除宿主基因组DNA的宏基因组提取方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)从来源于宿主的样本中提取宏基因组总核酸，得到包含宿主基因组DNA的宏基因组核酸样品；(2)将带有生物素标记的核酸内切酶活力缺失的Cas蛋白或其变体蛋白与多个聚簇规则间隔短回文重复RNA(crRNA)、反式激活crRNA(tracrRNA)或crRNA/tracrRNA衍生物在缓冲液中混合孵育，形成稳定的CRISPR‑Cas系统组合物；(3)将步骤(2)孵育好的CRISPR‑Cas系统组合物与步骤(1)的包含宿主基因组DNA的宏基因组核酸样品混合，在缓冲液中反应；用包被有链霉亲和素的磁珠捕获CRISPR‑Cas系统组合物和其结合的宿主基因组DNA，形成磁珠‑蛋白‑RNA‑DNA复合物；用磁力架分离去除磁珠‑蛋白‑RNA‑DNA复合物，达到消减样品溶液中的宿主基因组DNA浓度的目的。
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