[发明专利]一种基于比对算法构建探针特异性数据库的方法

摘要

本发明涉及计算机和生物信息学技术领域，公开一种基于比对算法构建的探针特异性数据库，使得探针特异性分析结果既准确又能缩短运算时间，迅速得到结果。本发明中构建数据库为主要步骤，包括设置探针杂交的最小长度，打碎基因组；将探针比对到基因组上；统计每条序列所能抓取基因组的次数；对每个位置的所有序列取最大的数字为包含这个位置短序列的最大可能抓取次数；构建探针比对数据库；还原结果等步骤。本发明中的数据库，可以极大限度的提高探针比对的效率，且只需要对特定实验条件环境构建一次，即可持续使用。此外，本数据库可适用于最普通的PC或服务器，只需要下载构建好的数据库即可自行对探针特异性进行分析。

主权项

1.一种基于比对算法构建的探针特异性数据库，其特征在于，包括以下步骤：S1. 根据实验环境和探针的特性设置探针杂交的最小长度k，然后将基因组以1bp的步移打碎成k的短序列片段；S2. 将探针比对到基因组上，输出每条序列所有的比对位置；S3. 统计每条序列所能抓取基因组的次数，并记录在这个序列本身所在的位置上；S4. 重复S3，对序列间相交的部分，对每个位置的所有序列取最大的数字为包含这个位置短序列的最大可能抓取次数，通过特定的系统编码成单个字符存储；S5. 通过S4，构建一个和基因组一模一样长度的探针比对数据库，通过samtools软件构建fai索引文件；S6. 将探针转换为bed文件，通过bedtools提取每条探针所在位置的比对信息，将字符解码成每个碱基的比对信息，并按照实验条件还原成每条探针的可能杂交的特异性结果。