[发明专利]一种基于10X单细胞转录组测序数据的分析方法有效
| 申请号： | 201910246518.6 | 申请日： | 2019-03-28 |
| 公开（公告）号： | CN109979538B | 公开（公告）日： | 2021-10-01 |
| 发明（设计）人： | 夏昊强;周煌凯;高川;张羽;陶勇;罗玥;邢燕;张秋雪 | 申请（专利权）人： | 广州基迪奥生物科技有限公司 |
| 主分类号： | G16B30/00 | 分类号： | G16B30/00;G06K9/62 |
| 代理公司： | 广州三环专利商标代理有限公司 44202 | 代理人： | 颜希文;宋静娜 |
| 地址： | 510000 广东省广州市广州国*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种基于10X单细胞转录组测序数据的分析方法，包括步骤：S1，测序数据质控和表达量定量；S2，基于10X单细胞转录组测序数据进行单细胞亚群分类；S3，差异表达基因分析：筛选细胞亚群上调表达的基因，采用Seurat的bimod似然比统计检验，分别对不同类细胞群进行基因差异表达分析；S4，差异基因功能分析：根据S3获得的差异表达基因，进行差异表达基因GO功能分析和/或差异表达基因KEGG功能分析；S5，标记基因筛选与分析：包括标记基因筛选、标记基因表达分布、标记基因蛋白网络分析；方法还包括步骤S6，细胞轨迹分析：包括单细胞轨迹的构建、差异表达基因的分析、细胞轨迹分支分析。采用本发明的方法分析10X单细胞转录组测序数据更准确、更丰富。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基于 10 单细胞 转录 序数 分析 方法 | ||
【主权项】：
1.一种基于10X单细胞转录组测序数据的分析方法，其特征在于，包括如下步骤：S1，测序数据质控和表达量定量：即对10X单细胞转录组测序数据进行测序数据、细胞数据的质量统计与控制，并与参考基因组比对以定量各基因表达量；S2，基于10X单细胞转录组测序数据进行单细胞亚群分类；S3，差异表达基因分析：筛选细胞亚群上调表达的基因，采用Seurat的bimod似然比统计检验，分别对不同类细胞群进行基因差异表达分析；S4，差异基因功能分析：根据S3获得的差异表达基因，进行差异表达基因GO功能分析和/或差异表达基因KEGG功能分析；S5，标记基因筛选与分析：包括标记基因筛选、标记基因表达分布、标记基因蛋白网络分析。
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