[发明专利]一种预测蛋白质-RNA相互作用位点的方法

摘要

本发明公开了一种研究蛋白质‑RNA相互作用位点预测的方法，根据蛋白质‑RNA复合物的多种特征数据组合成一个复杂的、多维的特征集，然后通过特征选择算法选出权重大的有效特征，最后通过机器学习算法来预测蛋白质‑RNA相互作用位点。本发明与现有的技术相比，融合了更多、更有效的特征，使用了更先进的算法，选出了更有效的特征，除了考虑实验证实的蛋白质‑RNA相互作用位点的预测外，还可以集成更多的数据例如蛋白质‑DNA相互作用位点等。本发明通过融合更有效的算法、更多的特征数据可以比以前的技术更准确的预测出蛋白质‑RNA相互作用位点，并且可以大规模的一次预测出多对蛋白质‑RNA相互作用位点，有效的解决了生物实验方法的盲目性、成本高的问题。

主权项

1.一种预测蛋白质‑RNA相互作用位点的方法，其特征在于，包括如下步骤：步骤1、根据对获得的蛋白质‑RNA复合物进行去冗余，获得相似性分数较低的有效数据；步骤2、根据步骤1得到的有效数据分别进行计算他们基于序列的特征、基于结构的特征、网络特征和暴露面积特征，把这些特征融合成多维特征；步骤3、根据步骤2中的特征对所有的训练集和测试集进行训练，利用特征选择算法选择出权重比较高的特征组合；步骤4、利用算法和步骤3中选择的特征向量组合训练模型，从训练得到的多个模型对测试集进行测试，将得到的结果进行投票输出最终预测结果。