[发明专利]一种整合显性效应的基因组育种值估计方法

摘要

本发明公开一种整合显性效应的基因组育种值估计方法，涉及畜禽遗传选育技术领域。该方法包括确定参考群体和候选群体、参考群体目标性状表型测定获取、参考群体全基因组标记分型、参考群体基因标记质量控制、参考群体杂合标记偏离幅度统计、基因组标记重新编码规则制定、候选群体全基因组标记分型、候选群体基因标记质量控制、基因组标记重新编码和估计基因组育种值等步骤。本发明基于杂合基因型表型与纯合基因型表型的偏离程度，制定编码规则，从基因组标记端着手，重新编码杂合基因型，使基因标记编码包含显性效应，然后估计基因组育种值。本发明适应畜禽遗传选育需求，能够不增加模型复杂度的同时大幅提高基因组估计育种值准确性。

主权项

1.一种整合显性效应的基因组育种值估计方法，其特征在于包括如下步骤：(1)确定参考群体和候选群体；(2)获取参考群体目标性状表型测定数据；(3)参考群体全基因组标记分型；(4)参考群体基因标记质量控制；(5)参考群体杂合标记偏离幅度统计；分别统计计算AA、Aa和aa三种基因型目标性状表型均值和并根据以下公式计算杂合基因型与纯合基因型之间的偏离幅度：(6)基因组标记重新编码规则制定；根据杂合基因型与纯合基因型之间的偏离幅度，以以下规则确定杂合基因型重编码规则：(a)如果dAA＞daa，Aa编码为aa；(b)如果dAA＜daa，Aa编码为AA；(c)如果dAA＝daa，Aa无需重新编码；(7)候选群体全基因组标记分型；(8)候选群体基因标记质量控制；采用与步骤(4)中与参考群体相同的基因标记质量控制标准；(9)基因组标记重新编码：采用步骤(6)中制定的编码规则对参考群体和候选群体基因组标记重新编码；(10)估计基因组育种值：以重编码后的基因组标记信息为基础，构建个体间关系矩阵，确定固定效应，构建线性模型，估计目标性状个体育种值。