[发明专利]一种配体小分子关键子结构筛选方法及装置

摘要

本发明涉及一种配体小分子关键子结构筛选方法及装置，采用基于配体的药物虚拟筛选方法，对海量的配体分子使用ECFP分子指纹对配体分子进行表征，每一位二进制编码对应了该配体分子是否具有特定子结构；采用基于加强的对偶多面体投影准则的LASSO的特征筛选方法，保留下与配体活性相关的关键子结构，用于后续的学习过程构建模型，并基于该方法建立相应装置。本发明能够去除掉大部分的不相关特征，不仅可以保留下与配体活性相关的关键子结构，另一方面在后续的学习过程中仅需要在小部分特征上构建模型，大幅提高模型的训练效率。

主权项

1.一种配体小分子关键子结构筛选方法，其特征在于：采用基于配体的药物虚拟筛选方法，对海量的配体分子使用ECFP分子指纹对配体分子进行表征，每一位二进制编码对应了该配体分子是否具有特定子结构；采用基于加强的对偶多面体投影准则的LASSO的特征筛选方法，保留下与配体活性相关的关键子结构，用于后续的学习过程构建模型，其主要包括如下步骤：步骤1：构建所需要的初始数据集Ds，所述的初始数据集Ds包括生成ECFP特征所需要的配体分子的SMILES表示，以及配体分子与药物靶标之间的产生活性作用的浓度值Standard Values，并求其十进对数的相反数作为生物活性response值；步骤2：给定初始数据集Ds，对初始数据集Ds进行处理，得到配体分子的ECFP特征即数据集Dt；步骤3：基于数据集Dt，基于EDPP LASSO方法的配体分子特征筛选；步骤4：基于鲁棒性选择(stability selection)方法的配体分子特征选择；步骤5：特征回溯，关键子结构可视化。