[发明专利]一种用于木本植物遗传密码子优化的CodonNX系统及其优化方法

摘要

本发明公开了一种用于木本植物遗传密码子优化的CodonNX系统及其优化方法，该系统包括输入模块、处理模块、输出模块；其中，输入模块用于用户输入基因序列和密码子使用频率排序表，并选定具体处理模式；处理模块用于接收输入的密码子信息内容、密码子使用频率排序表信息内容，并依据用户选择的处理模式，进行有效处理，并通过输出模块，输出对应的结果。本CodonNX系统提供了完备的可发展的全系统基因优化功能，提高工作效率，节省成本，系统的参数可选择，尤其是最优密码子可选择，几乎所有参数都公开、透明、可选择，并且可以由用户自己进行设置。该系统适合植物表达载体平台，针对性较强，经试验验证，在转基因植株中能得到高表达蛋白。

主权项

1.一种用于木本植物遗传密码子优化的CodonNX系统，其特征在于，包括输入模块、处理模块、输出模块；其中，输入模块用于用户输入基因序列和密码子使用频率排序表，并选定具体处理模式；处理模块用于接收输入的密码子信息内容、密码子使用频率排序表信息内容，并依据用户选择的处理模式，进行有效处理，并通过输出模块，输出对应的结果；所述的输入模块包括序列模块和密码子使用频率排序表模块，序列模块可输入的序列必须为三的倍数，输入的序列以三联体划分，传送到处理模块中；密码子使用频率排序表模块可输入的格式为同义密码子放在同一行，且按使用频率高低从左到右依次排列，中间以冒号隔开，非同义密码子再换行表示；所述的处理模块至少包括最优密码子替换模块、剪切位点检查和处理模块、mRNA二级结构检查和处理模块、增加模块；最优密码子替换模块，用于依据输入的密码子使用频率排序表替换输入序列中的对应密码子；剪切位点检查和处理模块，用于检查输入的序列是否有剪切位点，并依据用户选择确定是否要替换含有剪切位点的密码子，并进行循环检测，直至处理完毕；mRNA二级结构检查和处理模块，用于检查序列是否有mRNA二级结构，并依据用户选择确定是否要替换含有mRNA二级结构的密码子，并进行循环检测，直至处理完毕；增加模块，用于增加亚细胞器定位序列、kozak序列、内含子片段序列；所述的输出模块，输出的序列保存在output.txt中。