[发明专利]一种海量DNA测序数据无损快速压缩平台在审
| 申请号： | 201810018495.9 | 申请日： | 2018-01-11 |
| 公开（公告）号： | CN110111852A | 公开（公告）日： | 2019-08-09 |
| 发明（设计）人： | 陈墩金;徐继峰;周峻松;祁建明 | 申请（专利权）人： | 广州明领基因科技有限公司 |
| 主分类号： | G16B50/50 | 分类号： | G16B50/50;G06F16/907;G06F16/901 |
| 代理公司： | 暂无信息 | 代理人： | 暂无信息 |
| 地址： | 510610 广东省广州市天河区*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种海量DNA测序数据无损快速压缩平台，涉及DNA测序数据压缩平台领域，该平台将输入FASTQ数据分割成元数据、碱基和质量分数三个数据流，并根据它们自身特点分别独立地压缩：去除元数据流中的重复片段并使用LZMA算法进行压缩；对质量分数流使用游程编码和算术编码压缩；使用匹配工具BWA将短读与参考基因组比对，提取比对结果中的碱基流表达信息并使用LZMA算法、游程编码、算术编码进行压缩。该平台针对DNA序列本身具有的冗余性进行压缩，减少了压缩所需的存储空间。 | ||
| 搜索关键词： | 压缩 快速压缩 算术编码 游程编码 质量分数 碱基 无损 数据流 比对结果 表达信息 成元数据 存储空间 匹配工具 数据分割 数据压缩 元数据流 基因组 冗余性 比对 去除 参考 重复 | ||
【主权项】：
1.一种海量DNA测序数据无损快速压缩平台，其特征在于：所述平台包括数据读取模块、数据压缩模块、数据存储模块；所述数据读取模块用于读取DNA测序仪得到的FASTQ数据；所述数据压缩模块用于将FASTQ数据分割成元数据、碱基和质量分数三个数据流，并采用不同的压缩算法进行数据压缩；所述数据存储模块用于将压缩后的数据存入数据库。
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