[发明专利]利用了PPR基序的DNA结合性蛋白质及其应用

摘要

本发明的课题在于对利用了PPR的DNA结合性蛋白质进行通用化、改良。一种含有1个以上的具有下述式1结构的PPR基序的蛋白质，蛋白质中含有的一个PPR基序(M_n)是具有第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(‑2)氨基酸这3个氨基酸作为与对象DNA碱基或对象DNA碱基序列对应的特定氨基酸的组合的PPR基序，该蛋白质满足选自由下述(a)～(h)组成的组中的至少一种情况：(a)PPR基序(M_n)的第7氨基酸为异亮氨酸(I)；(b)PPR基序(M_n)的第9氨基酸为丙氨酸(A)；(c)PPR基序(M_n)的第10氨基酸为酪氨酸(Y)；(d)PPR基序(M_n)的第18氨基酸为赖氨酸(K)、精氨酸(R)或组氨酸(H)；(e)PPR基序(M_n)的第20氨基酸为谷氨酸(E)或天冬氨酸(D)；(f)PPR基序(M_n)的第29氨基酸为谷氨酸(E)或天冬氨酸(D)；(g)PPR基序(M_n)的第31氨基酸为异亮氨酸(I)；(h)PPR基序(M_n)的第32氨基酸为赖氨酸(K)、精氨酸(R)或组氨酸(H)。(螺旋A)‑X‑(螺旋B)‑L(式1)。

主权项

1.一种能够以DNA碱基选择性或DNA碱基序列特异性的方式进行结合的蛋白质，其为含有1个以上的具有下述式1结构的PPR基序的蛋白质，[化1](螺旋A)‑X‑(螺旋B)‑L  (式1)式1中：螺旋A为能够形成α螺旋结构的部分；X不存在或者为由长度1个～9个的氨基酸构成的部分；螺旋B为能够形成α螺旋结构的部分；并且L为由长度2个～7个的氨基酸构成的部分；蛋白质中含有的一个PPR基序(Mn)为下述的PPR基序：在将螺旋A的起始氨基酸作为第1氨基酸、将第4位氨基酸作为第4氨基酸、并且将下述氨基酸作为第“ii”(‑2)氨基酸时，所述PPR基序具有第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(‑2)氨基酸这3个氨基酸作为与对象DNA碱基或对象DNA碱基序列对应的特定的氨基酸的组合，所述作为第“ii”(‑2)氨基酸的氨基酸为：在PPR基序(Mn)的C末端侧连续存在下一个PPR基序(Mn+1)时(在PPR基序间无氨基酸插入时)，从构成PPR基序(Mn)的氨基酸的最后位(C末端侧)起的第‑2位氨基酸；在PPR基序(Mn)与其C末端侧的下一个PPR基序(Mn+1)之间发现1个～20个氨基酸的非PPR基序时，从下一个PPR基序(Mn+1)的第1氨基酸起向上游侧数2位、即第‑2位氨基酸；或者在PPR基序(Mn)的C末端侧未能发现下一个PPR基序(Mn+1)时、或者在与C末端侧的下一个PPR基序(Mn+1)之间发现21个氨基酸以上的构成非PPR基序的氨基酸的情况下，从构成PPR基序(Mn)的氨基酸的最后位(C末端侧)起的第2位氨基酸，所述蛋白质满足选自由下述(b)～(h)组成的组中的至少一种情况：(b)PPR基序(Mn)的第9氨基酸为丙氨酸(A)；(c)PPR基序(Mn)的第10氨基酸为酪氨酸(Y)、苯丙氨酸(F)或色氨酸(W)；(d)PPR基序(Mn)的第18氨基酸为赖氨酸(K)、精氨酸(R)或组氨酸(H)；(e)PPR基序(Mn)的第20氨基酸为谷氨酸(E)或天冬氨酸(D)；(f)PPR基序(Mn)的第29氨基酸为谷氨酸(E)或天冬氨酸(D)；(g)PPR基序(Mn)的第31氨基酸为异亮氨酸(I)、亮氨酸(L)、缬氨酸(V)；(h)PPR基序(Mn)的第32氨基酸为赖氨酸(K)、精氨酸(R)或组氨酸(H)，其中不包括由序列号1～5和序列号291～308的氨基酸序列构成的蛋白质。