[发明专利]结合细胞Pol Ⅱ C末端结构域（CTD）的病毒多肽片段及其用途

摘要

本发明涉及通过计算机鉴别降低或阻止来自正黏病毒科的病毒RNA依赖性RNA聚合酶或其变体与其配体(优选与细胞Pol II，更优选与CTD)结合的化合物的方法，以及产生鉴别的化合物的方法。本发明还涉及可通过所述方法鉴别和/或产生的化合物。本发明还涉及针对RNA依赖性RNA聚合酶与其配体(特别是与细胞Pol II，特别是与Pol II的CTD)的结合位点的抗体、以及编码所述抗体的核酸和包含所述核酸的载体。本发明涉及可根据所述方法制备的药物组合物，和/或包含所述化合物、所述抗体、所述核酸或所述载体的药物组合物。本发明还涉及所述化合物、所述抗体、所述核酸、所述载体或所述药物在治疗、改善、或预防由正黏病毒科的病毒感染引起的疾病状况中的用途。

主权项

1.一种通过计算机鉴别降低或阻止来自正黏病毒科的病毒RNA依赖性RNA聚合酶或其变体与其配体(特别是与细胞Pol II，特别是与CTD)结合的化合物的方法，其包括以下步骤(a)基于病毒RNA依赖性RNA聚合酶与其配体的结合位点的结构坐标构建计算机模型；(b)通过选自以下的方法来选择潜在的调节化合物：(iv)修饰结合位点内的共结晶配体，(v)基于共结晶配体与病毒RNA依赖性RNA聚合酶的结合位点的相互作用特征，和/或基于与共结晶配体的3D相似性，从小分子数据库中过滤并选择化合物，和(vi)基于共结晶配体与病毒RNA依赖性RNA聚合酶的结合位点的相互作用特征和/或基于与共结晶配体的3D相似性，重新进行所述化合物的配体设计；(c)采用计算手段在所述化合物和所述结合位点的计算机模型之间执行拟合程序操作，以便提供所述化合物在活性位点的能量最小化构型；和/或采用计算对接方法将所述化合物定位并置于所述结合位点中，以便提供化学实体的合理3D排列，即所述化合物的合理3D排列；和(d)评估所述拟合操作的结果并任选地评估所述对接方法的结果，以量化所述化合物与结合位点模型之间的缔合，从而评估所述化合物与所述结合位点缔合的能力。