[发明专利]日本鳗鲡适应性SNP位点的筛选方法

摘要

本发明公开了日本鳗鲡适应性SNP位点的筛选方法，包括提取基因组DNA，RAD文库构建及测序，RAD数据产出及质量控制，SNP位点的检测及筛选。有益效果为：本发明所公开的方法筛选得到的37700个SNP位点广泛分布于日本鳗鲡草图的整个基因组范围，总共包含在10710条contigs中，平均每条contig中含有3.5个SNP位点，进一步补充和完善了日本鳗鲡这一濒危物种的基因组信息资源，为日本鳗鲡群体遗传结构及种群历史动态的相关研究提供了重要的基础。

主权项

1.日本鳗鲡适应性SNP位点的筛选方法，其特征在于：所述方法包括以下步骤：1)提取基因组DNA：采用酚/氯仿抽提法从日本鳗鲡肌肉或鳍条组织中提取基因组DNA；2)RAD文库构建及测序：采用内切酶对基因组DNA进行酶切，对酶切后的DNA片段进行文库构建，得到高通量测序文库；3)RAD数据产出及质量控制：过滤掉原始测序数据中包含带Adaptor信息、低质量碱基和未测出的碱基的reads pair；4)SNP位点的检测及筛选：将过滤所得的reads pair通过BWA软件与已发表的日本鳗鲡基因组草图进行比对，接着采用SAMTOOLS 0.1.19中的贝叶斯算法模型以最大reads深度为1000的参数设置进行SNP的检测，最后经过滤得日本鳗鲡适应性SNP位点。