[发明专利]基于肿瘤新抗原特征值的新抗原活性预测和排序方法有效
| 申请号： | 201711071334.8 | 申请日： | 2017-11-03 |
| 公开（公告）号： | CN107704727B | 公开（公告）日： | 2020-01-31 |
| 发明（设计）人： | 刘琦;周驰;刘洪马;刘峰;陈珂;马骏 | 申请（专利权）人： | 杭州风起智能科技有限公司 |
| 主分类号： | G16B20/00 | 分类号： | G16B20/00;G01N33/53 |
| 代理公司： | 33280 杭州永曙知识产权代理事务所(特殊普通合伙) | 代理人： | 曹康华 |
| 地址： | 310019 浙江省杭州*** | 国省代码： | 浙江;33 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种基于肿瘤新抗原特征值的新抗原免疫活性打分和排序方法，包括以下步骤：肿瘤‑正常样本的WGS/WES、RNA‑seq测序数据的输入，肿瘤体细胞突变的预测及注释、相关特征值计算；基于肿瘤体细胞突变的MHC‑I结合新抗原预测、相关特征值计算；新抗原相关特征值的提取；新抗原活性打分函数的设定；基于新抗原活性打分函数的新抗原排序。本发明首先分析计算出肿瘤体细胞的突变并完成突变注释，计算出部分特征值，然后预测MHC‑I结合新抗原，计算出部分特征值；提取肿瘤新抗原的所有相关特征值，进而设定新抗原活性打分函数，最后通过新抗原活性打分函数对新抗原进行排序。本方法与传统的筛选方法相比更为高效精准，对于肿瘤免疫疗法具有重要的应用价值。 | ||
| 搜索关键词： | 基于 肿瘤 抗原 特征值 活性 预测 排序 方法 | ||
【主权项】：
1.基于肿瘤新抗原特征值的新抗原免疫活性预测和排序方法，其特征在于，包括以下步骤：/n(1)，肿瘤-正常样本的WGS/WES、RNA-SEQ测序数据的输入：输入肿瘤-正常样本的全基因测序数据WGS或全外显子组测序数据WES、转录组测序数据RNA-SEQ；/n(2)，肿瘤体细胞突变的预测及注释、相关特征值的计算：基于步骤(1)输入的测序数据，调用Varscan或Mutect工具分析计算出肿瘤体细胞突变，调用VEP(Variant EffectPrediction)工具完成突变注释，调用PyClone、Kallisto、Varscan或Mutect工具计算出如下特征值：突变基因克隆比、突变基因表达值TPM、等位基因突变频率VAF；/n(3)基于肿瘤体细胞突变的MHC-I结合新抗原预测、相关特征值的计算：基于步骤(2)中的肿瘤体细胞突变及注释数据，调用NetMHCpan、Netchop、OptiType工具预测MHC-I结合新抗原，并计算出如下特征值：突变肽段与MHC亲和力排序百分比、未突变肽段与MHC亲和力排序百分比、肽段剪切呈递效率；/n(4)新抗原所有相关特征值的提取：针对步骤(3)中预测的MHC-I结合新抗原，提取出肿瘤新抗原的所有相关特征值；新抗原相关特征值包括R
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