[发明专利]一种利用DNA序列构建核苷酸分子式鉴定海棠品种的方法

摘要

本发明公开了一种鉴定海棠品种的方法。本发明提供了鉴定海棠品种的方法，包括如下步骤：1)以待测海棠品种的基因组DNA为模板，用由序列1和序列2所示的两条单链DNA分子组成的引物对进行PCR扩增，得到PCR产物；2)将所述PCR产物测序，根据测序结果列出所述待测海棠品种的核苷酸分子式；3)将步骤2)所得的核苷酸分子式与对应的若干个海棠品种的核苷酸分子式进行比对，从而确定所述待测海棠品种。本发明所提供的鉴定海棠品种的方法精确、操作简捷，提高相关产业的生产效率和质量监测水平，有效弥补现有技术的不足；另外，该方法同时实现了海棠品种非花期(如苗期)的鉴定，具有较高的灵敏度。

主权项

1.一种鉴定或辅助鉴定待测海棠品种的方法，其特征在于，包括如下步骤：（1）以待测海棠品种的基因组DNA为模板，用由序列表中序列1和序列2所示的两条单链DNA分子组成的引物对进行PCR扩增，得到PCR产物；（2）将所述PCR产物测序后，截掉所述PCR产物的核苷酸序列自5’末端起的前19个核苷酸以及第806个以后的核苷酸，剩余序列作为待比对序列；（3）将所述待比对序列与DNA序列库中的全部序列放在一起进行比对，得到DNA比对序列矩阵；所述DNA序列库为如下（a1）：（a1）由序列表中序列3至序列12中的至少一种组成；（4）根据所述DNA比对序列矩阵列出所述待测海棠品种的核苷酸分子式；所述待测海棠品种的核苷酸分子式的通式为：B49B54B118B215B322B335B348B474B515B576B577B691；在所述通式中，所述B49、所述B54、所述B118、所述B215、所述B322、所述B335、所述B348、所述B474、所述B515、所述B576、所述B577和所述B691，依次表示在所述DNA序列比对数据矩阵中的第49、54、118、215、322、335、348、474、515、576、577和691个位点，对应DNA序列的第49、54、118、215、322、335、348、474、515、576、577和691个核苷酸位点；在所述通式中，每一个B为A、T、C和G中的任一种或两种；当所述待测海棠品种为纯合型时，在所述通式中，每一个B为A、T、C和G中的任一种，在测序时显示单一峰；当所述待测海棠品种为杂合型时，在所述通式中，每一个B可能为A、T、C和G中的两种，在测序时会得到明显的叠加套峰；（5）将步骤（4）所得所述待测海棠品种的核苷酸分子式与核苷酸分子式组I进行比对；所述核苷酸分子式组I由如下a1）‑a10）共10种核苷酸分子式组成：      a1）A49G54G118G215T322T335C348G474G515C576A577T691；      a2）G49G54G118G215Y322T335C348G474G515C576A577T691；      a3）G49G54G118G215T322T335C348G474G515C576A577Y691；      a4）G49R54G118G215T322T335C348G474R515C576A577T691；      a5）G49G54S118G215T322W335C348G474G515Y576W577T691；      a6）G49R54G118G215T322T335C348G474G515Y576W577T691；      a7）G49G54G118G215T322T335C348R474G515C576A577T691；      a8）G49G54G118G215T322T335M348R474G515C576A577T691；      a9）G49R54S118G215T322T335C348G474G515Y576A577T691；     a10）G49G54G118R215T322T335C348G474G515T576A577T691；在a1）‑a10）中，所述待测海棠品种的相应位点为杂合型，M表示A和C；K表示G和T；Y表示T和C；R表示A和G；S表示G和C；（6）根据步骤（5）的比对结果，按照如下方法对所述待测海棠品种进行鉴定：若所述待测海棠品种的核苷酸分子式为a1）所示的核苷酸分子式，则所述待测海棠品种为或候选为钟诺斯海棠（Malus tschonoskii）；若所述待测海棠品种的核苷酸分子式为a2）所示的核苷酸分子式，则所述待测海棠品种为或候选为‘金胡蜂’珠美海棠（Malus×zumi‘Golden Hornet’）；若所述待测海棠品种的核苷酸分子式为a3）所示的核苷酸分子式，则所述待测海棠品种为或候选为‘鲁道夫’海棠（Malus‘Rudolph’）；若所述待测海棠品种的核苷酸分子式为a4）所示的核苷酸分子式，则所述待测海棠品种为或候选为‘粉屋顶’海棠（Malus‘Pink Spire’）；若所述待测海棠品种的核苷酸分子式为a5）所示的核苷酸分子式，则所述待测海棠品种为或候选为‘火焰’海棠（Malus‘Flame’）；若所述待测海棠品种的核苷酸分子式为a6）所示的核苷酸分子式，则所述待测海棠品种为或候选为‘钻石’海棠（Malus‘Sparkler’）；若所述待测海棠品种的核苷酸分子式为a7）所示的核苷酸分子式，则所述待测海棠品种为或候选为‘斯普伦教授’珠美海棠（Malus×zumi‘Professor Sprenger’）；若所述待测海棠品种的核苷酸分子式为a8）所示的核苷酸分子式，则所述待测海棠品种为或候选为‘奈微利考伯曼’海棠（Malus‘Neville Copeman’）；若所述待测海棠品种的核苷酸分子式为a9）所示的核苷酸分子式，则所述待测海棠品种为或候选为‘红久’海棠（Malus‘Red Long’）；若所述待测海棠品种的核苷酸分子式为a10）所示的核苷酸分子式，则所述待测海棠品种为或候选为‘垂丝’海棠（Malushalliana）。