[发明专利]一种多域蛋白距离谱构建方法

摘要

一种多域蛋白距离谱构建方法，采用蛋白质比对工具对多域蛋白中各单域蛋白与模板的比对进行一对一打分，然后计算整个模板的综合得分；选取综合得分最高的部分模板蛋白提取所比对上的各残基之间的距离构建距离谱，并通过一系列条件来控制距离谱的质量，以保证距离谱的精确性。通过实际构象中各残基之间的距离与距离谱之间的平均误差对组装构象进行打分。本发明提供一种能够提高打分函数精确性的多域蛋白距离谱构建方法。

主权项

一种多域蛋白距离谱构建方法，其特征在于：所述距离谱构建方法包括以下步骤：1)参数初始化：距离谱提取模板蛋白个数T，模板得分阈值S，模板比对百分比P；2)输入多域蛋白的各单域的三维结构；3)根据对蛋白库中的每一个多域蛋白模板进行打分，过程如下：3.1)采用蛋白质模板比对工具TM‑align依次计算每一个单域蛋白与模板之间的比对得分TM‑score1,TM‑score2,…,TM‑scoreD，其中，D为多域蛋白中单域蛋白的个数；3.2)计算该模板的比对总得分：Tscore=Σi=1D(TM-scorei×Li)Σi=1DLi]]>其中，TM‑scorei为第i个单域蛋白与模板之间的比对得分，Li为第i个单域蛋白的序列长度；4)选取模板比对总得分最高的前T个蛋白建立距离谱，过程如下：4.1)判断模板的比对总得分是否大于S，且该模板与各单域蛋白的比对残基个数是否均大于P×Li，如果满足以上两个条件，则继续步骤4.2)；4.2)针对两个相邻的单域蛋白，如果其第m个残基和第n个残基在模板上有比对残基Am和An，则继续步骤4.3)；4.3)如果0.8×|m‑n|＜|Am‑An|＜1.2×|m‑n|，且(m‑n)(Am‑An)＞0，则计算比对残基对Am和An之间的欧氏距离dmn；4.4)根据步骤4.1)‑4.3)计算第m个残基和第n个残基每一个模板中的比对残基对之间的距离，并记为等于步骤4.3)中的欧氏距离；4.5)计算第m个残基和第n个残基的距离谱：dpmn=1NmnΣt=1NmnDmnt]]>4.6)根据步骤4.4)‑4.5)计算该相邻的单域蛋白中其它残基对之间的距离谱，则得到这两个单域蛋白之间的距离谱；4.7)根据步骤4.1)‑4.6)计算每两个相邻单域蛋白的距离谱，则得到整个多域蛋白的距离谱。