[发明专利]一种检测核酸内切酶酶切位点的方法

摘要

本发明公开了一种检测核酸内切酶酶切位点的方法。本发明利用芯片上数以十亿计的核酸序列来高通量系统性的检测核酸内切酶对DNA的识别切割位点及核心序列特征，采用两次测序分别获取碱基序列及正常的双链DNA，同时根据酶切前后荧光信号的改变，运用生物信息分析方法得到内切酶的识别切割位点。通过对内切酶识别切割位点的研究，可检测内切酶的识别切割位点的倾向性，并且可以提前预测内切酶的星号活性及基因组编辑技术中内切酶的脱靶效应，同时，也可用于大规模筛选新型基因组编辑系统中使用的内切酶所需要识别的PAM序列。与现有技术中的测序方法相比，本发明的检测方法具有速度快且通量高的优势。

主权项

1.一种检测核酸内切酶酶切位点的方法，为如下(1)或(2)：所述(1)包括如下步骤：(a1)构建待测序的文库，并将所述文库固定到芯片上，得到待测序的芯片；(a2)将所述待测序的芯片进行第一次测序，得到第一次测序后的芯片，并获得每条核酸序列的序列信息及ID号；(a3)洗脱所述第一次测序后的芯片，将第一次测序生成的新链洗脱掉，得到洗脱后的芯片；(a4)将所述洗脱后的芯片进行第二次测序，得到第二次测序后的芯片，并拍照获得对应DNA序列位点的荧光信号和ID号；(a5)用核酸内切酶对所述第二次测序后的芯片上的DNA序列进行酶切，酶切反应后进行洗脱，去除被切割的DNA序列，得到酶切后的芯片，并拍照获得对应DNA序列位点的荧光信号和ID号；(a6)将步骤(a4)与步骤(a5)获得的荧光信号进行对比，获得发生酶切反应的DNA序列的ID；(a7)根据所述发生酶切反应的DNA序列的ID，分析发生酶切反应的DNA序列，获得切割位点的序列信息；所述(2)包括如下步骤：(b1)构建待测序的文库，并将所述文库固定到芯片上，得到待测序的芯片；(b2)将所述待测序的芯片进行第一次测序，得到第一次测序后的芯片，并获得每条核酸序列的序列信息及ID号；(b3)洗脱所述第一次测序后的芯片，将第一次测序生成的新链洗脱掉，得到洗脱后的芯片；(b4)用核酸内切酶对所述洗脱后的芯片上的DNA序列进行酶切，酶切反应后进行洗脱，去除被切割的DNA序列，得到酶切后的芯片，并拍照获得对应DNA序列位点的荧光信号和ID号；(b5)将所述酶切后的芯片进行第二次测序，得到第二次测序后的芯片，并拍照获得对应DNA序列位点的荧光信号和ID号；(b6)将步骤(b4)与步骤(b5)获得的荧光信号进行对比，获得发生酶切反应的DNA序列的ID；(b7)根据所述发生酶切反应的DNA序列的ID，分析发生酶切反应的DNA序列，获得切割位点的序列信息。