[发明专利]抗体互补决定区构象指纹数据库

摘要

本发明涉及抗体互补决定区构象指纹数据库，属于生物信息学领域。对于每个抗体蛋白，包括名称，氨基酸序列，互补决定区片段范围，全信息构象指纹共四组数据，所述的氨基酸序列和互补决定区片段范围，从蛋白知识数据库获得，所述的全信息构象指纹，分两种情况处理对于已知三维结构的抗体蛋白，从蛋白数据库里获得全部结构数据，并用蛋白折叠形状码表示；对于未知结构的抗体蛋白，对抗体互补决定区的三维空间构象进行预测得到构象谱带。本发明不仅包含了抗体蛋白序列的一级结构和有规则的二级结构，而且扩展涵盖了无规则的三级结构。可以采用构象指纹的相似性分数标记抗体互补决定区构象特征，为抗体互补决定区的分类提供新的参数。

主权项

一种抗体互补决定区构象指纹数据库，对于每个抗体蛋白，包括名称，氨基酸序列，互补决定区片段范围，全信息构象指纹共四组数据，所述的氨基酸序列和互补决定区片段范围，从蛋白知识数据库获得，所述的全信息构象指纹，分两种情况处理：对于已知三维结构的抗体蛋白，从蛋白数据库里获得全部结构数据，并用蛋白折叠形状码表示，再将抗体互补决定区的折叠形状码提取出来，作为该抗体互补决定区的全信息构象指纹；对于未知结构的抗体蛋白，该抗体互补决定区的全信息构象指纹是对抗体互补决定区的三维空间构象进行预测得到的构象谱带；对于未知结构的抗体互补决定区预测得到的构象谱带，通过如下过程获得：1)从全部20个氨基酸中任意地提取5个氨基酸，形成总数为3,200,000的不同排列，每一个排列的可能折叠构象从全球蛋白质数据库获得，然后用蛋白折叠形状码表示；创建了一个数据库来收集上述排列及其对应的蛋白折叠形状码，该数据库被命名为5AAPFSC；2)对于抗体互补决定区的蛋白质，沿着氨基酸序列，从N‑端开始，逐步移动向C‑端，依次读取每5个连续的氨基酸，其可能具有的折叠构象从5AAPFSC数据库直接获得，用蛋白折叠形状码的字符表示；在蛋白质数据库中出现频率最高的折叠构象对应的蛋白折叠形状码排在第一位，出现频率第二高的折叠形状码排在第二位，从上到下依次形成一列，直至收集完全为止，每5个连续的氨基酸具有不同数目的折叠构象可能；3)抗原互补决定区的全部可能的折叠形状码形成一个阵列，称为蛋白折叠构象谱带，代表了互补决定区全部可能的折叠构象；对于每一个位点，通过其全部可能的折叠形状码的相互替代，可以准确地得到所有可能的构象；可能构象的总数目是全部每5个氨基酸可能折叠构象数目的连续乘积。