[发明专利]从样本中鉴定微生物物种的方法和装置有效
| 申请号： | 201710447898.0 | 申请日： | 2017-06-14 |
| 公开（公告）号： | CN109082479B | 公开（公告）日： | 2022-04-19 |
| 发明（设计）人： | 姬敬开;麻锦敏 | 申请（专利权）人： | 深圳华大生命科学研究院 |
| 主分类号： | C12Q1/70 | 分类号： | C12Q1/70;C12Q1/04;C12M1/00;C12M1/34 |
| 代理公司： | 北京清亦华知识产权代理事务所(普通合伙) 11201 | 代理人： | 赵天月 |
| 地址： | 518083 广东*** | 国省代码： | 广东;44 |
| 权利要求书： | 查看更多 | 说明书： | 查看更多 |
| 摘要： | 本发明提出从样本中鉴定微生物物种的方法和装置。该方法包括：获得DNA和RNA测序结果；将DNA测序结果进行比对，以便获得第一候选微生物集合和特异性DNA测序读段集合；将RNA测序结果进行比对，以便获得第二候选微生物集合和特异性RNA测序读段集合；选取第一候选微生物集合和第二候选微生物集合的交集的至少一部分作为第三候选微生物集合；分别从特异性DNA和RNA测序读段集合中选取相同数目的特异性DNA和RNA测序读段，分别获得过滤DNA和RNA测序读段集合；以及对第三候选微生物集合进行过滤处理，以便获得第四候选微生物集合，构成样本中的微生物物种。由此，能够准确地鉴定到种水平的微生物，避免背景微生物干扰，同时可找出活跃表达的致病性微生物，且操作简便。 | ||
| 搜索关键词： | 样本 鉴定 微生物 物种 方法 装置 | ||
【主权项】：
1.一种从样本中鉴定微生物物种的方法，其特征在于，包括：(1)分别从所述样本中提取DNA和RNA，并分别对所述DNA和所述RNA进行测序，以便获得由多个DNA测序读段构成的DNA测序结果和由多个RNA测序读段构成的RNA测序结果；(2)将所述DNA测序结果与第一参考序列集合进行比对，以便获得第一候选微生物集合和特异性DNA测序读段集合，所述第一候选微生物集合的每一种微生物均被至少一个特异性DNA测序读段支持，所述特异性DNA测序读段集合的每一种特异性DNA测序读段仅支持一种微生物；(3)将所述RNA测序结果与第二参考序列集合进行比对，以便获得第二候选微生物集合和特异性RNA测序读段集合，所述第二候选微生物集合的每一种微生物均被至少一个特异性RNA测序读段支持，所述特异性RNA测序读段集合的每一种特异性RNA测序读段仅支持一种微生物；(4)选取所述第一候选微生物集合和所述第二候选微生物集合的交集的至少一部分作为第三候选微生物集合；(5)分别从所述特异性DNA测序读段集合和所述特异性RNA测序读段集合中选取相同数目的所述特异性DNA测序读段和所述特异性RNA测序读段，分别获得过滤DNA测序读段集合和过滤RNA测序读段集合；以及(6)基于所述过滤DNA测序读段集合和过滤RNA测序读段集合，对所述第三候选微生物集合进行过滤处理，以便获得第四候选微生物集合，所述第四候选微生物集合构成所述样本中的微生物物种。
下载完整专利技术内容需要扣除积分，VIP会员可以免费下载。
该专利技术资料仅供研究查看技术是否侵权等信息，商用须获得专利权人授权。该专利全部权利属于深圳华大生命科学研究院，未经深圳华大生命科学研究院许可，擅自商用是侵权行为。如果您想购买此专利、获得商业授权和技术合作，请联系【客服】
本文链接：http://www.vipzhuanli.com/patent/201710447898.0/，转载请声明来源钻瓜专利网。
