[发明专利]手足口病混合感染中柯萨奇A组16型病毒的检测方法

摘要

本发明公开了一种手足口病混合感染中柯萨奇A组16型病毒的检测方法，该方法通过提取病毒RNA，用肠道病毒A组通用引物EntAF和 EntARo进行RT‑PCR扩增，然后用引物EntAF和EntARi进行半巢式PCR扩增，再根据肠道病毒A组通用引物和CV‑A16序列设计特异CV‑A16上游引物CA16AFO和下游引物CA16ARi，以RT‑PCR产物为模板进行巢式PCR扩增，取扩增产物进行1%琼脂糖凝胶电泳，即可鉴定。本发明所述方法具有操作简便、检测速度快、准确率高、成本低等优点，特别适用于大规模流行病调查。

主权项

手足口病混合感染中柯萨奇A组16型病毒的检测方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：（1）提取病毒RNA，根据肠道病毒VP1的特点设计肠道病毒A组通用引物进行巢式或半巢式PCR；首先用引物EntAF(5’TNCARGCWGCNGARACNGG 3’)和EntARo（5’ANGGRTTNGTNGMWGTYTGCCA 3’）进行第一步的RT‑PCR扩增，然后再用引物EntAF和EntARi （5’GGNGGNACRWACATRTAYTG 3’）进行第二步半巢式PCR扩增，测序并进行NCBI BLAST比对，如果该核苷酸序列与GenBank数据库中肠道病毒参考株核苷酸序列同源性大于75%，即认为是同一血清型，检测出手足口病患者感染的肠道病毒种类；（2）经过所述步骤（1）的鉴定，如果未检测出柯萨奇A组16型病毒，根据肠道病毒A组通用引物和CV‑A16序列设计特异CV‑A16上游引物CA16AFO（5’TACAAGCCGCGGAGACAGG3’）和下游引物CA16ARi（5’GGTGGGACATACATGTACTG 3’），以所述步骤（1）中RT‑PCR产物为模板进行巢式PCR扩增，取扩增产物进行1%琼脂糖凝胶电泳，即可鉴定。