[发明专利]鉴别S组山羊草属种Psy1基因等位变异的方法

摘要

本发明提供一种鉴别S组山羊草种属Psy1基因等位变异的方法。山羊草属是小麦改良的重要基因资源，现有技术已经获得了小麦B基因组可能的主要供体拟斯卑尔脱山羊草S基因组的3个Psy1等位变异Psy1‑S1a、Psy1‑S1b和Psy1‑S1c。而小麦B基因组其它可能供体的S组山羊草属的Psy1等位基因未见报道。本发明的目的在于挖掘小麦B基因组其它可能供体的高大山羊草、双角山羊草及西尔斯山羊草等3个S组山羊草属的Psy1等位变异，进一步拓宽Psy1‑S1等位基因的遗传多样性。

主权项

一种鉴别S组山羊草种属Psy1基因等位变异的方法，具体如下：(1)提取小麦S组山羊草种籽粒基因组DNA，作为PCR反应以模板；(2)PCR反应体系(20μL)为：模板DNA 50ng，1×PCR buffer，MgCl2 1.5mM，dNTP 150μM，YP7B‑5标记物0.4μM，Taq酶(或LA‑Taq酶)1U；PCR反应在MJ Research PTC‑200PCR仪上进行；PCR反应程序：首先95℃5min；然后95℃30s，再由60‑63℃30s，72℃1min，共40个循环；最后72℃5min，4℃保温；(3)PCR扩增产物经1.5％琼脂糖凝胶电泳分离，将目标条带连接至pMD18‑T载体上进行克隆测序；(4)将得到的扩增片段序列与来自普通小麦及其近缘种对应的5个Psy1‑B1/Psy1‑S1等位基因(包括来自普通小麦的Psy1‑B1d，来自栽培二粒小麦的Psy1‑B1k以及来自拟斯卑尔脱山羊草的Psy1‑S1a、Psy1‑S1b和Psy1‑S1c)进行序列比对，在确定外显子和内含子位置的同时进一步检测可能存在的SNP和InDel。