[发明专利]用于预测实验油棕榈植物的棕榈油产量的方法

摘要

公开了用于预测实验油棕榈植物的棕榈油产量的方法。该方法包括从群体的实验油棕榈植物的样品中确定至少第一SNP基因型，其对应于第一SNP标记，第一SNP标记位于高油产量性状的第一候选基因区域中，并且在分层和亲缘关系校正之后，以群体中0.001的p‑值与高油产量性状相关联或相对于与其连锁的第一其他SNP标记具有至少0.2的连锁不平衡r2值，并且第一其他SNP标记在分层和亲缘关系校正之后，以群体中0.001的p‑值与高油产量性状相关联。该方法也包括比较第一SNP基因型与相应的第一参考SNP基因型并且基于SNP基因型匹配的程度，预测实验植物的棕榈油产量。

主权项

一种用于预测实验油棕榈植物的棕榈油产量的方法，所述方法包括下述步骤：(i)从油棕榈植物的群体的实验油棕榈植物的样品中确定所述实验油棕榈植物的至少第一单核苷酸多态性(SNP)基因型，所述第一SNP基因型对应于第一SNP标记，所述第一SNP标记(a)位于用于高油产量性状的第一候选基因区域中且(b)在分层和亲缘关系校正之后，以群体中<0.001的p‑值与所述高油产量性状相关联或相对于与其连锁的第一其他SNP标记具有至少0.2的连锁不平衡r²值，并且所述第一其他SNP标记，在分层和亲缘关系校正之后，以群体中<0.001的p‑值与所述高油产量性状相关联；(ii)比较所述实验油棕榈植物的所述第一SNP基因型和在与所述群体相同的遗传背景中指示所述高油产量性状的相应的第一参考SNP基因型；和(iii)基于所述实验油棕榈植物的所述第一SNP基因型与所述相应的第一参考SNP基因型的匹配程度，预测所述实验油棕榈植物的棕榈油产量，其中所述第一候选基因区域是对应于下述的油棕榈基因组的区域：(1)候选基因区域1，其包括编码CBL‑相互作用蛋白质激酶32的基因并且从编码CBL‑相互作用蛋白质激酶32的所述基因的上游4kb延伸至下游4kb；(2)候选基因区域2，其包括编码Shaggy相关的蛋白质激酶的基因并且从编码Shaggy相关的蛋白质激酶的所述基因的上游4kb延伸至下游4kb；(3)候选基因区域3，其包括编码Probable受体样蛋白质激酶的基因并且从编码Probable受体样蛋白质激酶的所述基因的上游4kb延伸至下游4kb；(4)候选基因区域4，其包括编码Tau Class谷胱甘肽S‑转移酶的基因并且从编码Tau Class谷胱甘肽S‑转移酶的所述基因的上游4kb延伸至下游4kb；或(5)候选基因区域5，其包括编码肉桂酰辅酶A还原酶的基因并且从编码肉桂酰辅酶A还原酶的所述基因的上游4kb延伸至下游4kb。