[发明专利]一种通过粪便DNA分析大鸨食源植物的方法

摘要

本发明公开了一种通过粪便DNA分析大鸨食源植物的方法。本发明提供方法，包括：1)用带有不同碱基标签的trnL基因扩增引物对分别扩增多个待测大鸨粪便中的trnL基因片段，得到多个添加不同碱基标签序列的待测大鸨粪便trnL基因片段；2)混合所述多个添加不同碱基标签序列的待测大鸨粪便trnL基因片段，得到混合片段，高通量测序所述混合片段，得到多个待测大鸨粪便trnL基因片段测序序列；3)将所述多个待测大鸨粪便trnL基因片段测序序列分别与本地植物叶绿体DNA trnL全序列数据库和公共trnL条形码数据库进行比对，根据测序序列与两种数据库中序列的同源性判断待测大鸨食源植物，并根据序列条数计算大鸨摄食某种植物的百分比；本发明为研究动物的食性偏好和食谱研究提供了技术支撑。

主权项

1.一种检测或辅助检测待测大鸨食源植物的方法，包括如下步骤：/n1）用带有不同碱基标签的trnL基因扩增引物对分别扩增多个待测大鸨粪便中的trnL基因片段，得到多个添加不同碱基标签序列的待测大鸨粪便trnL基因片段；/n所述带有不同碱基标签的trnL基因扩增引物对由trnL基因扩增引物对和连接在该引物对各条引物末端的6个碱基标签组成；/n2）混合所述多个添加不同碱基标签序列的待测大鸨粪便trnL基因片段，得到混合片段，高通量测序所述混合片段，得到多个待测大鸨粪便trnL基因片段测序序列；/n3）将所述多个待测大鸨粪便trnL基因片段测序序列分别与本地植物叶绿体DNA trnL全序列数据库和公共trnL条形码数据库进行比对，根据测序序列与两种数据库中序列的同源性判断待测大鸨食源植物；/n所述本地植物叶绿体DNA trnL全序列数据库按照如下方法制备：采集大鸨栖息地所有潜在食源植物，用trnL通用引物分别对所有所述潜在食源植物进行PCR扩增，得到所有潜在食源植物的PCR扩增产物，测序，得到所有潜在食源植物对应的trnL序列，由所有潜在食源植物及其对应trnL序列构成本地植物叶绿体DNA trnL全序列数据库；/n所述公共trnL条形码数据库为从生物信息相关数据库中提取所有植物trnL 序列中所述trnL基因扩增引物对对应的扩增片段，所述植物及其对应的扩增片段组成公共trnL条形码数据库；/n所述每个碱基标签在碱基顺序上的差异数大于3；/n所述根据测序序列与两种数据库中序列的同源性判断待测大鸨食源植物为：/n若待测大鸨粪便trnL基因片段某条测序序列与所述本地植物叶绿体DNA trnL全序列数据库或所述公共trnL条形码数据库某条序列一致性大于等于95%，则所述待测大鸨的食源植物含有或候选含有该条序列在数据库中所对应的植物物种，若待测大鸨粪便trnL基因片段某条测序序列与所述本地植物叶绿体DNA trnL全序列数据库或所述公共trnL条形码数据库某条序列一致性小于95%，则所述待测大鸨的食源植物不含有或候选不含有该条序列在数据库中所对应的植物物种；/n所述trnL基因扩增引物对由序列表中序列77所示的单链DNA分子和序列78所示的单链DNA分子组成；/n或所述trnL通用引物由序列表中序列79所示的单链DNA分子和序列80所示的单链DNA分子组成。/n