[发明专利]评估抗菌肽抗菌力的系统及其使用方法

摘要

本发明提供一种评估/预测抗菌肽抗菌力的方法，其包含以下步骤：(a)利用第一输入单元建构多肽，将构建的多肽构型置于水溶液环境，并持续第一时间，进行平衡反应；(b)利用第二输入单元建构磷酸双脂层，将该磷酸双脂层置于水溶液环境中，并持续第二时间，进行平衡反应；(c)利用第一处理单元，将所述第一输入单元所建构的多肽型与所述第二输入单元建构的磷酸双脂层于水溶液环境中进行分子动力学模拟；(d)通过第二处理单元，计算该多肽构型的分配自由能；(e)通过输出单元，该输出单元与所述第一处理单元和所述第二处理单元连接，并将预测信息输出。

主权项

1.一种评估抗菌肽抗菌力的系统，其特征在于，包括：第一输入单元，用于多肽的建构；第二输入单元，用于磷酸双脂层的建构；第一处理单元，其与所述第一输入单元以及所述第二输入单元连接，该第一处理单元用于将第一输入单元建构的多肽与第二输入单元建构的磷酸双脂层于水溶液环境中进行分子动力学模拟；第二处理单元，该第二处理单元与所述第一处理单元相连接，用于计算该多肽在每格模拟快照(snapshot)中与膜内脂链尾有碰触之重原子数Ni及与膜内脂链尾未碰触之重原子数NO，对模拟平衡后4纳秒中所收集的快照做平均，得到<Ni>与<NO>，进而计算分配自由能ΔGp，其中所述重原子是指氢原子之外的所有原子；输出单元，该输出单元与所述第二处理单元连接，用于将预测信息‑分配自由能ΔGp输出；其中，所述第一输入单元、所述第二输入单元、所述第一处理单元、所述第二处理单元及该输出单元系通过计算机操作；所述分子动力学模拟用于调整所述多肽的方向，使其疏水面朝向预先平衡好的磷酸双脂层，而亲水面朝向另一端，然后当两者的质心投影到与膜垂直的轴上相距为时，再展开下沉而上浮表面模拟；所述下沉而上浮表面模拟包括螺旋构型的多肽被微弱的拉力拖至膜内磷酸双脂上层磷原子之平均坐标下方的位置并维持数纳秒，接着去除对螺旋构型多肽的限制力，进行10～35纳秒的模拟，使其上浮至膜表面并且平衡。