[发明专利]一种评估群体分化时间的方法及装置

摘要

本发明公开了一种评估群体分化时间的方法及装置。其中，该方法包括以下步骤：S1，基因组信息记录：对待分析基因组的染色体个数和长度进行评估，调用perl数据库索引包，建立参考基因组的索引，获取每个SNP位点及其左右位置的碱基信息；S2，基因间区SNP筛选：对SNP位点进行注释，保留注释到基因间区的SNP位点；S3，群体分组：将待研究的物种根据亚群信息分组；S4，等位频谱计算：分别计算步骤S2中保留的SNP位点的等位基因在每个群体中出现的个数并记录；以及S5，结果整合：将步骤S4的结果生成频谱文件。本发明能够生成DADI评估群体分化时间所需的关键频谱信息文件，填补了目前该模块软件的空白。

主权项

1.一种生产频谱文件的方法，其特征在于，包括以下步骤：S1，基因组信息记录：对待分析基因组的染色体个数和长度进行评估，调用perl数据库索引包，建立参考基因组的索引，获取每个SNP位点及其左右位置的碱基信息；S2，基因间区SNP筛选：对所述SNP位点进行注释，保留注释到基因间区的所述SNP位点；S3，群体分组：将待研究的物种根据亚群信息分组；S4，等位频谱计算：分别计算所述步骤S2中保留的SNP位点的等位基因在每个群体中出现的个数并记录；以及S5，结果整合：将所述步骤S4的结果生成频谱文件；所述步骤S5中，按照ingroup outgroup Allele1 pop1 pop2…Allele2 pop1 pop2…chr positon格式生成所述频谱文件，其中，待研究的群体为内群，其祖先群体为外群，第一列为所述待研究的群体的SNP位点及其左右各一个碱基信息形成的3个连续碱基模式的信息；第二列为所述祖先群体的SNP位点及其左右各一个碱基信息形成的3个连续碱基模式的信息；第三列为所述内群的SNP位点，随后的列表示该SNP位点在群体pop1，群体pop2，……中的个数，Allele2表示所述祖先群体的SNP点，随后的列表示该SNP在所述群体pop1，所述群体pop2，……中的个数，倒数第二列为SNP位点所在染色体的信息，最后一列为SNP位点所在位置。