[发明专利]基于载体的siRNA干扰序列的筛选方法

摘要

本发明公开了一种基于载体的siRNA干扰序列的筛选方法。所述基于载体的siRNA干扰序列的筛选方法包括以下步骤：首先以靶基因序列为模板，设计siRNA序列；再使用Rational siRNA design标准对siRNA序列进行筛选；然后对siRNA序列进行Blast分析；再对siRNA序列进行热动力学稳定性分析；如果siRNA序列的Rational siRNA design评分相同，则优先选择反义链结合能低的siRNA序列。本发明提供的siRNA筛选方法相较于现有的siRNA设计流程，能有效缩小高效siRNA的筛选范围，降低RNA干扰技术的研究和应用成本，效率更高，实用性更强。

主权项

一种基于载体的siRNA干扰序列的筛选方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤S1、以靶基因序列为模板，设计siRNA序列，且设计的siRNA序列避开靶基因序列5’和3’端的非编码区；步骤S2、使用Rational siRNA design标准对步骤S1中设计出的siRNA序列进行初步筛选，排除评分在5分以下的siRNA序列；步骤S3、对步骤S2中筛选出的siRNA序列进行Blast分析，排除能对其他基因产生脱靶效应的siRNA序列，保证筛选出的siRNA序列对靶基因的特异性；步骤S4、对步骤S3筛选出的siRNA序列进行热动力学稳定性分析，通过siRNA序列的反义链5’端与3’端自由能的差值或者切割位点的内部平均能量值来衡量，其中，若siRNA序列的反义链5’端与3’端自由能的差值>0kcal/mol或者切割位点的内部平均能量值>‑8.6kcal/mol，则该siRNA序列即为所要的序列；步骤S5、对于步骤S4中筛选出的siRNA序列，如果siRNA序列的Rational siRNA design评分相同，则优先选择siRNA序列反义链结合能低的siRNA序列。