[发明专利]一种通过基因组数据对遗传力进行评估的方法

摘要

本发明公开了一种通过基因组数据对遗传力进行评估的方法，对于某一数量性状，通过使用不同数量的参考群个体利用GBLUP算法进行全基因组的标记效应的估计，进而得到估计群的育种值，并计算出估计准确度；通过基因组估计准确度与参考群体大小进行曲线直线化拟合，拟合出的回归方程的截距的倒数为遗传力的估计值；本发明通过基因组的数据对数量性状的遗传力进行评估，所研究的成果可直接应用于动植物数量性状育种中，本发明的算法不对个体进行系谱记录而是对个体基因组进行测序，通过全基因组标记来预测性状的遗传力，遗传力估计结果主要用于将来的育种工作中，另外，测序可以捕获到孟德尔抽样误差，相对记录系谱数据能够获得更准确的系谱信息。

主权项

1.一种通过基因组数据对遗传力进行评估的方法，对于某一数量性状，通过使用不同数量的参考群个体进行全基因组的标记效应的估计，进而得到估计群的育种值，并计算出估计准确度；通过基因组估计准确度与参考群体大小进行曲线直线化拟合，拟合出的回归方程的截距的倒数为遗传力的估计值；其特征在于：基因组选择的具体过程采用GBLUP作为计算标记效应的算法，基因组所有标记位点的效应方差是相等的，标记效应通过以下公式计算得出：其中，为总体平均值；为所有标记位点的效应向量；基因组估计育种值通过将所有标记位点的效应相加获得，其中基因组估计育种值用GEBV表示，即GEBV＝∑X_ig_i；GEBV估计准确性通过计算GEBV与真实育种值的相关系数，即r_(GEBV，TBV)得出；在GBLUP算法估计育种值的情况下，其中真实育种值用TBV表示，r_(GEBV，TBV)的另一计算公式为：其中，Np为参考群的个体数量；h2为所研究的性状的遗传力；M为决定该性状的有效基因组片段的数目；在实际生产中，无法得知TBV的具体数值，因此用表型值替代TBV，其中表型值用Y表示，推导出GEBV与Y的关系为：在公式(3)中，通过调整Np的大小可获得不同的r(GEBV，Y)的值，拟合该曲线方程，拟合的方式采用曲线直线化，对公式(3)进行整理，得到线性方程:该方程相当于线性回归模型y＝a+bx，其中y为r(GEBV，Y)的平方的倒数，x为Np的倒数，方程的截距a即是遗传力的倒数，通过求该方程的截距的倒数，求出遗传力的估计值。