[发明专利]一种限定性模体的发现方法

摘要

本发明公开了一种限定性模体的发现方法，涉及生物信息领域，包括以下步骤1)构建字典表，所构述字典表用于存储指定模式P的模式实例；2)在字典表中以字典顺序列出指定模式P的所有实例集合I＝{I1…IN}，其中，Ii为模体实例；3)对每个模体实例Ii与待检测的核苷酸序列进行比较验证，若第i个实例满足只出现在待检测的核苷酸正例序列集合中，而不出现在反例序列集合中，则该实例作为最终满足条件的模体输出。本发明以简单的方法解决了限定性模体发现问题，最后的实验证明，在合理的时间内，倒排索引算法总是可以找到所有满足条件的模体，从而保证了算法的有效性。

主权项

一种限定性模体的发现方法，其特征在于，包括以下步骤：1)构建字典表，所述字典表用以存储指定模式P的所有模式实例；2)在字典列中以字典顺序列出指定模式P的所有实例集合I＝{I1…IN}，其中，Ii为模体实例；3)对每个模体实例Ii待检测的核苷酸序列进行比较验证，若第i个实例满足只出现在待检测的核苷酸正例序列集合中，而不出现在反例序列集合中，则该实例作为最终所要得到的模体输出；其中，1≤i≤N，N为实例的总数；所述步骤1)的具体过程为：1.1、构建字典表，字典表的每行对应指定模式P的一个模式实例；1.2、对字典表中每一个模式实例设置一个指针，所述指针指向一个倒排索引表，所述倒排索引表存储了所有符合该模式实例的序列。