[发明专利]用于错误校正的序列读数迭代聚类有效
| 申请号： | 201480069926.4 | 申请日： | 2014-12-10 |
| 公开（公告）号： | CN105849555B | 公开（公告）日： | 2019-05-14 |
| 发明（设计）人： | H-H·曾 | 申请（专利权）人： | 加利福尼亚太平洋生物科学股份有限公司 |
| 主分类号： | G01N33/48 | 分类号： | G01N33/48 |
| 代理公司： | 上海专利商标事务所有限公司 31100 | 代理人： | 余颖;陶家蓉 |
| 地址： | 美国加利*** | 国省代码： | 美国;US |
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| 摘要： | 示例性实施方式提供了用于错误校正的序列读数的迭代聚类的方法和系统。示例性实施方式的方面包括接收序列读数的集和相关的质量值；将序列读数基于序列相似性分组为初始簇的集；生成各初始簇的簇共有区；基于与序列读数相关的质量值和簇共有区迭代改进聚类；并且生成并输出各簇的最终簇共有区。 | ||
| 搜索关键词： | 用于 错误 校正 序列 读数 迭代聚类 | ||
【主权项】：
1.一种用于错误校正的序列读数迭代聚类的方法，所述方法在至少一个处理器上执行的至少一个软件组件上进行，包括：(A)接收序列读数的集和相关的质量值，其中所述相关的质量值是对每个位置碱基判定准确性的估计；(B)将所述序列读数基于序列相似性分成初始簇的集；(C)生成各所述初始簇的簇共有区；(D)基于与所述序列读数相关的质量值和所述簇共有区迭代改进所述聚类，其中迭代改进所述聚类包括：(i)使用所述质量值计算各序列读数属于各簇的概率；(ii)将个体序列读数从一个簇重分配至具有最高计算概率的另一个簇；和(iii)合并高度相似的簇；(E)生成并输出各所述簇的最终簇共有区。
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