[发明专利]用于基因组排序和大分子分析的计算工具

摘要

一种四值并行仿真，能够实现一种计算机系统，该计算机系统能够结合在DNA分析和大分子结晶体上的计算机集中技术的混合体。公开的系统和方法帮助药物的设计、制药研究、从基因角度上改变的生物体以及对基因序列的检测以用于基因治疗。

主权项

1.一种用于基因组排序和分析的语义网络的机器可实现的方法，所述方法包括：a)使用包括F、T、U和D的符号来表示被映射到二矢量动态数组的“假”、“真”、“未定义”和“已定义”的值，其中，F表示被映射到二矢量动态数组的“假”的值，T表示被映射到二矢量动态数组的“真”的值，U表示被映射到二矢量动态数组的“未定义”的值，D表示被映射到二矢量动态数组的“已定义”的值；所述值还被映射到所述二矢量动态数组中的索引且被存储为语义网络内的节点，以用于表示输入的基因组序列；b)将F、T、U和D用集合理论限定，其中，{}为“未定义”，{T}为“真”，{F}为“假”，{T,F}为“已定义”，这些值被解释为：属性{P}为“真”，属性为“假”，属性{}为“未定义”，属性为“已定义”，这些属性是用于在谓词积分中针对连续递归步骤测试条件和量化变量的属性；c)忽略单调论证，利用下面的二进制连接词，以否定形式来定义逻辑，连接词逻辑与^Λ、逻辑非逻辑或∨被用于证明逻辑的完备性，如下所示：是T是F是D是U；d)针对连接词Λ其中，第一行的值和第一列的值是进行逻辑与运算之前的值，第一行的第i个值与第一列的第j个值进行逻辑与运算得到第i行第j列的值，其中，2≤i≤5，2≤j≤5；e)针对连接词∨其中，第一行的值和第一列的值是进行逻辑或运算之前的值，第一行的第i个值与第一列的第j个值进行逻辑或运算得到第i行第j列的值，其中，2≤i≤5，2≤j≤5；f)通过将语法信息和语义信息线性编码到语义网络来使短期存储器最优化，并使长期存储器最大化；g)在并行环境下，使短期存储器最优化以使长期存储器最大化的处理变为使不同知识源之间的通信和存储最优化，其中，知识源是进程；h)在仿真中使用“已定义”和“未定义”来帮助分离资产类别。