[发明专利]转录本确定方法

摘要

本发明涉及一种估计转录本丰度的方法，所述方法包括以下步骤：a)从所关心的遗传基因座的转录本的潜在混合物中获取转录本片段测序数据；b)将所述片段测序数据分配给所关心的基因座的遗传基因坐标，从而获得片段遗传基因坐标覆盖的数据集，各遗传基因坐标的覆盖相结合形成覆盖包络曲线；c)设置所述混合物的转录本的数量；d)为每个转录本i预先设置建模的基因覆盖的概率分布函数，i代表转录本的数值标识，其中所述概率分布函数由所述转录本i的权重因子α_i与至少2个概率子函数j之和的数学乘积构成，j代表概率子函数的数值标识，每个概率子函数j用权重因子β_i,j独立地加权；e)将每个转录本的概率分布函数相加，获得和函数；f)使所述和函数拟合到所述覆盖包络曲线，从而优化α_i与β_i,j的值来提高拟合；g)重复步骤e)和f)，直到预先设置的收敛判据已经得到满足，从而获得所述混合物的每个转录本的估计转录本丰度，所述的估计转录本丰度用在收敛判据已经得到满足之后经优化的权重因子α_i表示。

主权项

1.一种估计转录本丰度的方法，所述方法包括以下步骤：a)从所关心的遗传基因座的转录本的潜在混合物中获取转录本片段测序数据；b)将所述片段测序数据分配给所关心的基因座的遗传基因坐标，从而获得片段遗传基因坐标覆盖的数据集，各遗传基因坐标的所述覆盖相结合，形成覆盖包络曲线；c)设置所述混合物的转录本的数量；d)为每个转录本i预先设置建模的基因覆盖的概率分布函数，i代表转录本的数值标识，其中所述概率分布函数通过至少2个概率子函数j之和与所述转录本i的权重因子αi相乘来定义，j代表概率子函数的数值标识，每个概率子函数j用权重因子βi,j独立地加权；e)将每个转录本的概率分布函数相加，获得和函数；f)使所述和函数拟合到所述覆盖包络曲线，从而优化αi与βi,j的值来提高拟合；g)重复步骤e)和f)，直到预先设置的收敛判据已经得到满足，从而获得所述混合物的每个转录本的估计转录本丰度，所述的估计转录本丰度用在收敛判据已经得到满足之后经优化的权重因子αi表示。