[发明专利]一种利用GPU加速的哈特里近似方法在审
| 申请号: | 201410555574.5 | 申请日: | 2014-10-20 |
| 公开(公告)号: | CN104239747A | 公开(公告)日: | 2014-12-24 |
| 发明(设计)人: | 刘羽 | 申请(专利权)人: | 浪潮电子信息产业股份有限公司 |
| 主分类号: | G06F19/00 | 分类号: | G06F19/00 |
| 代理公司: | 暂无信息 | 代理人: | 暂无信息 |
| 地址: | 250101 山东*** | 国省代码: | 山东;37 |
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| 摘要: | 本发明提供一种利用GPU加速的哈特里近似方法,基本的程序架构和组织流程为:选择基矢并构建试探单粒子态,生成哈特里项,将其存放在一线性内存中,做为初始参数;生成问题的解空间;划分计算网格,传递输入参数到显存;调用设备端函数计算粒子-粒子相互作用;将计算完成的结果从显存拷贝到内存中;生成哈特里矩阵,在CPU上做矩阵对角化操作;计算得新的单粒子态;根据自洽后所得到的单粒子态,计算多体系的能量及态矢等进一步物理量。本发明和现有技术相比,充分剖析了哈特里近似计算方法的计算负载特点,并充分利用了计算机中的各种计算资源,大幅加速了使用哈特里近似方法对多体物理、量子计算化学问题的快速模拟计算。 | ||
| 搜索关键词: | 一种 利用 gpu 加速 特里 近似 方法 | ||
【主权项】:
一种利用GPU加速的哈特里近似方法,其特征在于基本的程序架构和组织流程为:(1)选择基矢并构建试探单粒子态,生成哈特里项,将其存放在一线性内存中,做为初始参数;(2)生成问题的解空间;(3)划分计算网格,传递输入参数到显存,并将计算中需要频繁访问的参数放到GPU的共享存储器中;(4)调用设备端函数计算粒子‑粒子相互作用,并将各线程对应的结果存放到显存中;(5)将计算完成的结果从显存拷贝到内存中;(6)生成哈特里矩阵,在CPU上做矩阵对角化操作;(7)计算得新的单粒子态,重新返回步骤(1)计算新的哈特里项,再次自洽运算,直接两次自洽达到预定的精度则退出自洽计算步骤;(8)根据自洽后所得到的单粒子态,计算多体系的能量及态矢等进一步物理量。
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G06 计算;推算;计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学,即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真,例如:概率模型或动态模型,遗传基因管理网络,蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的,例如:进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的,例如:结构排序,结构或功能关系,蛋白质折叠,结构域拓扑,用结构数据的药靶,涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的,例如:基因型–表型关联,不均衡连接,种群遗传学,结合位置鉴定,变异发生,基因型或染色体组的注释,蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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