[发明专利]数据库驱动的原始测序数据的初步分析在审
| 申请号： | 201380065692.1 | 申请日： | 2013-10-11 |
| 公开（公告）号： | CN104919466A | 公开（公告）日： | 2015-09-16 |
| 发明（设计）人： | L·戈蒂埃;O·伦德 | 申请（专利权）人： | 丹麦技术大学 |
| 主分类号： | G06F19/22 | 分类号： | G06F19/22 |
| 代理公司： | 北京律诚同业知识产权代理有限公司 11006 | 代理人： | 徐金国 |
| 地址： | 丹麦*** | 国省代码： | 丹麦;DK |
| 权利要求书： | 查看更多 | 说明书： | 查看更多 |
| 摘要： | 本发明涉及一种识别含有原始测序读段的样品中的生物序列的来源的方法。该方法可以用于识别未知DNA的来源并且可以用于诊断、生物防御、食品安全和质量以及卫生应用。在另一方面，本发明涉及可以用于本发明方法的参考序列数据库。 | ||
| 搜索关键词： | 数据库 驱动 原始 序数 初步 分析 | ||
【主权项】：
一种识别生物序列，如短读段，的可能来源的方法，该方法包括：a)从一来源采样序列或短读段的子集，b)将来自所述子集的序列分段成k‑mer，c)针对包括参考序列的k‑mer的第一集合，查询来自所述子集的一个或多个k‑mer，d)针对包括k‑mer在参考序列中的位置的第二集合，查询来自所述子集的一个或多个k‑mer，e)确定哪个/哪些参考含有所述一个或多个k‑mer，和f)返回对可能的来源参考的描述，其中所述包括参考序列的k‑mer的第一集合与包括k‑mer在参考序列中的位置的第二集合是分离的。
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