[发明专利]双向多步DeBruijn图的突出端识别与去除方法有效
| 申请号： | 201310672168.2 | 申请日： | 2013-12-10 |
| 公开（公告）号： | CN103699814B | 公开（公告）日： | 2017-02-01 |
| 发明（设计）人： | 孟金涛;张慧琳;彭丰斌;魏彦杰;冯圣中 | 申请（专利权）人： | 深圳先进技术研究院 |
| 主分类号： | G06F19/10 | 分类号： | G06F19/10 |
| 代理公司： | 深圳市科进知识产权代理事务所(普通合伙)44316 | 代理人： | 沈祖锋,郝明琴 |
| 地址： | 518055 广东省深圳*** | 国省代码： | 广东;44 |
| 权利要求书： | 查看更多 | 说明书： | 查看更多 |
| 摘要： | 本发明公开一种双向多步De Bruijn图的突出端识别与去除方法，包括步骤，S1、读取测序数据源文件，并构造双向多步De Bruijn图；S2、设定所述双向多步De Bruijn图中的每个顶点u的数据结构，对所述双向多步De Bruijn图突出端双向边的识别；S3、对所述双向多步De Bruijn图突出端双向边的去除。本发明基于相关节点的结构信息以及边的相对丰度来判别该突出端是否可以被删除，本发明方法的判别方式比以前的方法更精细，考虑的De Bruijn图中的信息更多；可以有效的删除突出端双向边，从而可以一定程度上提高contigs的长度，同步提高contig的质量。 | ||
| 搜索关键词： | 双向 debruijn 突出 识别 去除 方法 | ||
【主权项】：
一种双向多步De Bruijn图的突出端识别与去除方法，其特征在于，包括步骤，S1、读取测序数据源文件，并构造双向多步De Bruijn图；S2、设定所述双向多步De Bruijn图中的每个顶点u的数据结构，对所述双向多步De Bruijn图突出端双向边的识别；S3、对所述双向多步De Bruijn图突出端双向边的去除。
下载完整专利技术内容需要扣除积分，VIP会员可以免费下载。
该专利技术资料仅供研究查看技术是否侵权等信息，商用须获得专利权人授权。该专利全部权利属于深圳先进技术研究院，未经深圳先进技术研究院许可，擅自商用是侵权行为。如果您想购买此专利、获得商业授权和技术合作，请联系【客服】
本文链接：http://www.vipzhuanli.com/patent/201310672168.2/，转载请声明来源钻瓜专利网。
- 上一篇：用于通电用户验证的系统和方法
- 下一篇：一种倒立行走健身器
- 同类专利
- 专利分类
G06 计算；推算；计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
