[发明专利]双向多步DeBruijn图的重复双向边识别与去除方法

摘要

本发明公开一种双向多步De Bruijn图的重复双向边识别与去除方法，包括步骤，S1、读取测序数据源文件，并构造双向多步De Bruijn图；S2、判断出度为3的顶点u是否指向的同一个顶点v的同一方向或者同一端，指向相同的一端为耦合重复双向边，指向不同的一端为错误重复双向边；S3、对被判定含有耦合重复双向边顶点u和被判定含有错误重复双向边顶点u进行判断删除。本发明根据重复双向边形成，将部分重复双向边分类，并采取正确的措施清除De Bruijn图中存在的重复双向边；使contigs可以继续延长，De Bruijn图继续收缩；有效的解耦并去除重复双向边，而且避免对正确的双向边的破坏，从而可以一定程度上提高contigs的长度，提高contig的质量。

主权项

一种双向多步De Bruijn图的重复双向边识别与去除方法，其特征在于，包括步骤，S1、读取测序数据源文件，并构造双向多步De Bruijn图；S2、判断出度为3的顶点u是否指向同一个顶点v的同一方向或者同一端，指向相同的一端为耦合重复双向边，指向不同的一端为错误重复双向边；S3、对被判定含有耦合重复双向边顶点u和被判定含有错误重复双向边顶点u进行判断删除；所述重复双向边去除包括步骤，S31、遍历所述双向多步De Bruijn图中的每个顶点u；S32、如果顶点u中有两条边指向同一个目的顶点v，且所述两条边的下标设为i和j，指向v的方向为Direci和Direcj，另外一条指向其他节点w的边设为k；S33、统计顶点u的边的出度，如果边的出度是3，则执行步骤S34，否则执行步骤S31；S34、双向边u.arcs[i]和u.arcs[j]的对称边在顶点v的下标记为retIndexi，retIndexj，在kmer上的方向为retDireci，retDirecj；S35、双向边u.arcs[k]的对称边在顶点w的下标记为RetIndex，方向记为RetDirec；S36、如果Direci不等于Direcj，则该边为耦合重复双向边；判断删除；S37、如果Direci等于Direcj则该边为错误重复双向边；判断删除。