[发明专利]一种高通量基因测序的有效数据分类寻优目标检测系统及检测方法有效
申请号: | 201310585089.8 | 申请日: | 2013-11-19 |
公开(公告)号: | CN103559425B | 公开(公告)日: | 2017-02-15 |
发明(设计)人: | 梁素钰;刘滨凡;田松岩;刘延坤;李琳;孙清芳;刘广菊;刘长乐;李云红;贾丹;杜倩;邵英男;王文帆;陈瑶;李东玫;刘玉龙;王刚 | 申请(专利权)人: | 黑龙江省森林工程与环境研究所 |
主分类号: | G06F19/22 | 分类号: | G06F19/22 |
代理公司: | 哈尔滨市船大专利事务所23201 | 代理人: | 张贵丰 |
地址: | 150081 黑龙*** | 国省代码: | 黑龙江;23 |
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摘要: | 本发明提供的是高通量基因测序的有效数据分类寻优目标检测系统及检测方法。包括依次相连的测序仪、数据库模块和数据处理模块。测序仪对所需测序基因进行测序并将测序数据存储到所述数据库模块中;数据处理模块包括数据归类模块、目标检测模块、有效数据模块、操作单元分类模块、相似度寻优模块、结果显示模块和无效数据模块。本发明针对高通量基因测序数据序列庞杂的特性,对所测数据序列进行归类参数的选取和效值的赋值或定义,经过数据归类子模块的循环递近归类,配合目标检测模块,判断是否进行数据归类优化,获得有效数据;并进行不同相似度下的操作单元优化分类,计算分类单元出现的频率,从而实现庞杂高通量基因序列的最优有效序列目标检测。 | ||
搜索关键词: | 一种 通量 基因 有效 数据 分类 目标 检测 系统 方法 | ||
【主权项】:
一种高通量基因测序的有效数据分类寻优目标检测系统,包括依次相连的测序仪、数据库模块和数据处理模块,其特征是:所述测序仪对所需测序基因进行测序并将测序数据存储到所述数据库模块中;所述的数据处理模块包括数据归类模块、目标检测模块、有效数据模块、操作单元分类模块、相似度寻优模块、结果显示模块和无效数据模块,数据归类模块对所测数据序列进行归类处理,即所测数据序列若具有归类参数R的性质,则进行读取归类,所测数据序列若不具有归类参数R的性质,则该数据序列进入无效数据模块;目标检测模块对经过数据归类模块的循环递近归类后的数据序列进行同时满足所选归类参数有效值或有效定义的检测,通过同时满足所选归类参数有效值或有效定义的检测的数据序列,若是多于或者少于预定的实验分析数据序列数则进行数据优化;有效数据模块用以对满足循环递近归类的数据序列进行处理;操作单元分类模块用以对有效数据模块中的所有数据序列根据设定的相似度进行操作单元分类,并计算分类单元出现的频率;相似度寻优模块按照相似度的不同,设定相似度间隔百分点,将有效数据模块中的所有数据序列重新进行操作单元分类,输出操作单元分类结果及计算分类单元出现的频率;结果显示模块将目标检测模块的检测结果、有效数据模块的结果、操作单元分类模块的结果和计算分类单元出现的频率在结果显示模块上显示;无效数据模块存储数据归类模块和目标检测模块中的不符合要求的数据;所述归类参数R的性质包括序列长度、碱基有效序列、启动子序列、标签序列和控制序列。
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G06 计算;推算;计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学,即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真,例如:概率模型或动态模型,遗传基因管理网络,蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的,例如:进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的,例如:结构排序,结构或功能关系,蛋白质折叠,结构域拓扑,用结构数据的药靶,涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的,例如:基因型–表型关联,不均衡连接,种群遗传学,结合位置鉴定,变异发生,基因型或染色体组的注释,蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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