[发明专利]提供核苷酸序列数据的方法和测序装置

摘要

一种测序装置，产生基础核苷酸序列数据30，其包含所述测序装置10中的捕获探针的探针数据34以及由所述探针捕获的核酸片段的标识符的确定序列32。所述测序装置输出富集的核苷酸序列数据36，其用包含对所述核酸片段预期的序列38的参考的数据富集。

主权项

一种用于提供核苷酸序列数据(36)的方法，所述方法包括以下步骤：接收基础核苷酸序列数据(30)，其包含核酸片段的核苷酸的标识符的确定序列(32)，并且包含已经捕获所述核酸片段的捕获探针的探针数据(34)，其中所述捕获探针的序列至少部分地与所述核酸片段的序列互补，其中所述捕获探针的序列能够通过杂交捕获所述核酸片段，并且其中所述捕获探针的序列与预期序列(38)不同；通过用关联所述探针数据(34)与预期序列(38)的信息将所述探针数据(34)转换为预期序列(38)来确定所述核酸片段的预期序列(38)；输出所述核苷酸序列数据(36)，其包含所述标识符的确定序列(32)和预期序列(38)的参考，其中所述探针数据(34)包含关于参考基因组上靶核酸的确定序列的定位信息，所述定位信息可通过确定连接至靶核酸分子的基因组位置信息的所述靶核酸分子的序列的方法获得，所述方法包括以下步骤：提供捕获寡核苷酸探针，其包含与所述靶核酸的部分在序列上互补的两个部分以及任选存在的固定部分，其中所述捕获寡核苷酸探针的部分被非靶互补序列标签分开；将所述捕获寡核苷酸探针与包含核酸分子的样品杂交，其中所述核酸分子包含至少部分地与所述捕获寡核苷酸探针互补的序列；任选地将所述捕获寡核苷酸探针‑靶核酸复合物固定在固相上；任选地从所述固相除去未结合的核酸分子；通过使用聚合酶活性将所述靶核酸分子环化；扩增所述环化的靶核酸分子；通过产生至少2个核苷酸的序列读段确定所述扩增的靶核酸分子的序列；鉴定所述非靶互补序列标签的序列；鉴定与所述非靶互补序列标签相邻的捕获寡核苷酸探针的核苷酸序列，其中任选地单独鉴定3'和5'相邻序列；鉴定参考基因组上所述捕获寡核苷酸探针的序列的位置；以及提供(i)所述靶核酸的确定序列与(ii)关于其在参考基因组上的位置的信息的组合，且其中通过将所述参考基因组上的位置的信息与所述参考基因组的对应序列相关联而定义所述预期序列(38)。