[发明专利]一种检测基因融合的方法

摘要

本发明提供了一种检测基因融合的方法。具体地，本发明提供了一种RACE-like PCR联合测序的检测方法(简称为“RCAE样PCR联合测序法”)，对ALK融合基因之类的融合基因进行检测。本发明方法不仅可同时检测多种不同的ALK融合基因，而且在不必事先知道与ALK发生融合的基因以及ALK融合基因的融合方式的情况下，检测出未知的ALK融合基因，从而提高了检测方法的灵敏性、实用性以及通用性。

主权项

一种非诊断性的、体外检测样本中的多核苷酸是否存在基因融合的方法，其中所述的融合基因是第一基因与第二基因融合形成的，其特征在于，包括步骤：1)以检测样本的mRNA为模板，在特异性扩增条件下，利用基因特异性引物1进行反转录，从而扩增得到cDNA链，其中所述的扩增的cDNA链的序列跨越了第一基因以及与其发生融合的第二基因的融合区；其中，所述的基因特异性引物1位于第一基因以及与其发生融合的第二基因的远端，即从基因特异性引物1的扩增方向看，依次为基因特异性引物1、第一基因(或其部分)以及与第一基因发生融合的第二基因；2)在cDNA的3’端添加多聚C(polyC)的尾巴；3)以添加了polyC尾的cDNA链为模板，在特异性扩增条件下，用与多聚C锚定引物与基因特异性引物2进行第一轮PCR反应，从而获得第一PCR产物；其中所述的多聚C锚定引物包括(a)位于引物3’端的、与多聚C尾互补的polyG结合区，以及(b)位于引物5’端的锚定区，其中所述的锚定区既不与多聚C尾互补，也不与polyG结合区互补；所述的基因特异性引物2位于第一基因以及与其发生融合的基因的远端，且不超过基因特异性引物1，从基因特异性引物1的扩增方向看，依次为基因特异性引物1、基因特异性引物2、第一基因(或其部分)以及与第一基因发生融合的第二基因；4)以第一PCR扩增产物为模板，在特异性扩增条件下，用锚定引物与基因特异性引物3进行第二轮PCR反应，从而获得第二PCR产物；其中所述的锚定引物包括位于引物3’端的、与多聚C锚定引物的锚定区相同或互补的锚定区，所述的锚定区既不与多聚C尾互补，也不与polyG结合区互补；其中，所述的锚定区不与特异性引物1、特异性引物2或特异性引物3相同或互补，即不会与特异性引物1、特异性引物2或特异性引物3发生特异性结合；所述的基因特异性引物3位于基因特异性引物2和基因特异性引物1的内侧，即从基因特异性引物1的扩增方向看，依次为基因特异性引物1、基因特异性引物2、基因特异性引物3、第一基因(或其部分)以及与第一基因发生融合的第二基因；5)对得到的长度大于阴性对照的第二PCR产物进行测序，以得到与第一基因发生融合的基因序列，从而确定所述的多核苷酸是否存在基因融合。