[发明专利]水稻籽粒镉含量相关基因LCd7的联合单倍型分子标记及其应用

说明书

本发明公开了水稻籽粒镉含量相关基因LCd7的联合单倍型分子标记及其应用。本发明属于生物技术领域，具体涉及水稻籽粒镉含量相关基因LCd7的联合单倍型分子标记及其应用。通过检测水稻TagSNP‑14208267或/和6个SNP的多态性或基因型的物质来鉴定或辅助鉴定水稻镉含量，TagSNP‑14208267的基因型为AA的水稻的镉含量低于基因型为CC的水稻，低镉联合单倍型Multi‑HAP3的水稻籽粒镉含量显著低于Multi‑HAP1和Multi‑HAP2，说明TagSNP‑14208267和联合单倍型Multi‑HAP3可以用于水稻籽粒镉积累的早期预测和筛选，用于水稻育种及低镉水稻的选育。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及水稻籽粒镉含量相关基因LCd7的联合单倍型分子标记及其应用。

背景技术

水稻是世界上最重要的粮食作物之一，约有一半以上的人口以稻米为主食。农田重金属污染是当今世界面临的重大环境问题,受到各界广泛关注。重金属污染具有复杂隐蔽性、危害持久性,尤其可能通过食物链的富集作用危及人类健康。其中镉是对环境毒性最大的重金属元素之一,对水稻等粮食作物的安全生产构成严重威胁。

镉对有机体有极强的毒害作用，尤其在人类身体中，其半排出周期长达30年，长期摄取被镉污染的稻米，会增加患肺癌、肾脏和肝脏疾病以及痛痛病的几率。粮食作物的安全问题与人类健康息息相关，但镉污染农田治理周期长难度大，因此，如何在不浪费现有农田的基础上，生产出安全的粮食作物显得尤为重要。

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)指基因组单个核苷酸的变异，它是最微小的变异单元，是由单个核苷酸对置换、颠换、插入或缺失所形成的变异形式。单倍型(haplotype)则是位于一条染色体上某一区域的一组相关联的多个SNP等位位点。单核苷酸多态性标记具有遗传稳定、数量多、分布广且易于检测等特点，适合于数量庞大的检测分析。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是如何鉴定或辅助鉴定水稻镉累积性状或如何鉴定或辅助鉴定水稻籽粒的镉含量或如何进行水稻育种。

为了解决上述技术问题，本发明首先提供了一种应用，所述应用为下述P1、P2或P3，

所述P1为检测TagSNP-14208267的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定水稻镉含量中的应用，所述TagSNP-14208267是水稻基因组的一个SNP，为序列表中序列1的第19位核苷酸，其为A或C；

所述P2为检测TagSNP-14208267和6个SNP的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定水稻镉含量中的应用，所述6个SNP分别为OsCd1-TagSNP-840593、OsHMA2-TagSNP-29481835、OsHMA3-TagSNP-7406920、OsMTP1-TagSNP-1679325、OsNramp1-TagSNP-8965009和OsNramp5-TagSNP-8880395：

所述OsCd1-TagSNP-840593是水稻基因组的一个SNP，为序列表中序列2的第24位核苷酸，其为G或A；

所述OsHMA2-TagSNP-29481835是水稻基因组的一个SNP，为序列表中序列3的第25位核苷酸，其为G或A；

所述OsHMA3-TagSNP-7406920是水稻基因组的一个SNP，为序列表中序列4的第19位核苷酸，其为G或A；

所述OsMTP1-TagSNP-1679325是水稻基因组的一个SNP，为序列表中序列5的第30位核苷酸，其为G或A；

所述OsNramp1-TagSNP-8965009是水稻基因组的一个SNP，为序列表中序列6的第26位核苷酸，其为C或A；