[发明专利]与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记及其检测方法和应用

说明书

本发明公开了一种与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记及其检测方法与应用，涉及分子生物学及遗传育种领域。所述SNP标记位于鸡第10号染色体第1775498bp处，所述位点上存在T/C碱基突变，与地方鸡40周产蛋数性状具有显著相关性。本发明提供的SNP标记能够用于地方鸡分子标记辅助育种，且不受地方鸡品种、年龄的限制，可用于高产地方鸡选育，甚至刚出壳的小鸡即可准确地进行筛选，大大加快了高产地方鸡的育种进程，可降低育种企业的选育成本。

技术领域

本发明涉及分子生物学及遗传育种领域，具体地说，涉及一种与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记、引物对、检测方法及其应用。

背景技术

鸡蛋富含蛋白质、脂肪、卵磷脂等人体所需的多种营养物质，是我国居民饮食结构中的重要组成部分。地方鸡的产蛋性能较低，蛋其蛋品质好，因此，快速提高地方鸡的产蛋性能是目前地方鸡育种工作亟需解决的问题之一。

单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphsim，SNP)是指基因组DNA序列中由于单个核苷酸(A、T、C或G)的突变而引起的多态性，包括单碱基的插入、缺失、转化和颠换等。全基因组关联分析(Gemome-Wide Association Study，GWAS)是应用基因组中数以百万计的SNP为分子遗传标记，进行全基因组水平的对照分析和相关分析，通过比较发现影响复杂性状的基因变异的一种新策略。

SNP分子标记辅助选择育种，是利用分子标记与经过全基因组关联分析发现的控制目标性状基因紧密连锁的特点，在DNA分子水平上，快速准确筛选优势基因型，缩短育种年限，加快育种进程，提高育种效率。目前二代测序技术、高密度SNP芯片和全基因组关联分析已经有效地用于动植物全基因组设计育种和优良性状评估诊断。因此，本发明利用鸡SNP分型数据及其产蛋性状相关的表型数据，进行全基因组范围内的关联分析，发现与地方鸡40周产蛋数显著相关的SNP标记位点，为地方鸡产蛋性状方面的优化与改良奠定基础。

发明内容

本发明的目的在于克服现有技术之缺陷，提供与地方鸡产蛋性状相关SNP标记及其检测方法。

为了实现上述技术目的，本发明主要采用如下技术方案：

第一方面，本发明公开了一种与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记，所述SNP标记位于鸡第10号染色体第1775498bp处，其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，在SEQ ID NO：1所示序列第251bp处的多态性为T/C的核苷酸序列。

所述位点上存在T/C碱基突变，与地方鸡40周产蛋数具有显著的相关性；所述SNP标记基于鸡基因组序列信息版本号GCA_000002315.5，2018年3月。

在本发明实施例中，所述SNP标记中，多态性位点的优势基因型为TT。

第二方面，本发明公开了一种如第一方面所述的与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记在鸡遗传育种中的应用。

进一步的，所述应用为，应用于高产地方鸡品种的鉴定与选育，和/或用于地方鸡高产性状的早期预测。

第三方面，本发明公开了一种扩增如第一方面所述的与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记的引物对，所述引物对包括：上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示。

第四方面，本发明公开了如第三方面所述引物对辅助鉴定与选育高产地方鸡品种，和/或用于地方鸡高产性状的早期预测，和/或用于与地方鸡产蛋性状相关的分子标记辅助育种中的应用。

第五方面，本发明公开了一种检测与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记的试剂盒，包括如第三方面所述的引物对、PCR mix等其中的至少一种。