[发明专利]一种水稻萌发耐淹性QTL位点、与其紧密连锁的分子标记及应用

说明书

本发明属于分子标记技术领域，公开了一种水稻萌发耐淹性QTL位点、与其紧密连锁的分子标记及应用。本发明以立糯852为母本、籼稻品种IR42为父本进行杂交，以杂交Fsubgt;l/subgt;代连续自交、回交后得到的群体为材料，对水稻萌发耐淹性进行统计和分析，同时根据初定位的结果进行进一步的精细定位，在9号染色体上发现一个LOD值为3.03主效QTL，遗传距离为2.47～5.81cM，物理距离为15764145～16272145bp。上述调控水稻萌发耐淹的主效QTL可应用于水稻直播耐淹品种选育，通过开发与主效QTL紧密连锁的分子标记，检测水稻品种或品系中萌发耐淹相关QTL，可加快选育水稻耐淹品种的进程。

技术领域

本发明涉及分子标记技术领域，具体涉及一种水稻萌发耐淹性QTL位点、与其紧密连锁的分子标记及应用。

背景技术

传统移栽种植模式在长时间内对粮食增产、农民增收、农业发展起到了重要作用。但随着城镇化的推进，农村劳动力大幅减少，而插秧对劳动力需求大、依赖高，严重阻碍了传统移栽模式的发展。水稻直播由于具有用水量少、淹水时间短、用水效率高、便于机械化操作等优点，因此已成为一种高效、经济、节约的轻简栽培模式。然而，出苗率低是阻碍水稻直播的关键问题。水稻直播过程中由于田面不平、坑洼积水、种子淹水等，致使有氧呼吸被抑制、极易烂芽烂根烂苗，导致直播稻缺苗严重，产量下降。解决缺苗问题是促进直播发展的关键环节，而选育萌发期耐淹的水稻品种被证明是最有效的措施。

影响水稻萌发耐淹性的分子机制在各研究报道中虽有所不同，但越来越多的研究表明，水稻萌发耐淹性是一个多基因参与的、涉及多条信号途径的复杂过程，分子标记辅助育种技术可有效解决水稻萌发耐淹性相关基因认识不全面的问题。目前，研究人员对于水稻萌发耐淹性分子标记的研究仍较为有限。因此，需进一步深入挖掘与分析水稻萌发耐淹相关分子标记，为筛选与鉴定适宜淹水直播的水稻耐淹品种提供新的选择。

发明内容

本发明的目的在于克服现有技术的不足之处而提供一种水稻萌发耐淹性QTL位点、与其紧密连锁的分子标记及应用。

为实现上述目的，本发明采取的技术方案如下：

第一方面，本发明提供了一种水稻萌发耐淹性QTL位点，所述QTL位点位于水稻第9号染色体上，遗传距离为2.47～5.81cM，物理距离为15764145～16272145bp。

本发明以立糯852为母本、籼稻品种IR42为父本进行杂交，以杂交F_l代连续自交、回交后得到的群体为材料，对水稻萌发耐淹性进行统计和分析，同时根据初定位的结果进行进一步的精细定位，在9号染色体上发现一个LOD值为3.03主效QTL，遗传距离为2.47～5.81cM，物理距离为15764145～16272145bp。上述调控水稻萌发耐淹的主效QTL可应用于水稻品种选育，通过开发与主效QTL紧密连锁的分子标记，检测水稻品种或品系中萌发耐淹相关QTL，可加快选育水稻耐淹品种的进程。

第二方面，本发明提供了一种与所述的QTL位点紧密连锁的分子标记，所述分子标记为ID3和/或R24421；

所述ID3能够通过如SEQ ID NO.1和2所示的引物对扩增得到；

所述R24421能够通过如SEQ ID NO.3和4所示的引物对扩增得到。

第三方面，本发明提供了一种用于扩增所述的分子标记的引物，所述引物为SEQID NO.1和2和/或SEQ ID NO.3和4所示的序列。

第四方面，本发明提供了一种含有所述的引物的试剂或试剂盒。

第五方面，本发明将所述水稻萌发耐淹性QTL位点、所述的分子标记、所述的引物或所述的试剂或试剂盒在鉴定水稻萌发耐淹性状表型中应用。