[发明专利]一种苏农黑猪鉴定方法

说明书

本发明涉及一种苏农黑猪鉴定方法，首先采集苏农黑猪的特异性遗传标签组合，经全基因组测序后，通过线性混合模型进行全基因组关联分析，筛选显著值前35的SNP位点构成鉴定数据集；再通过鉴定数据集利用支持向量机构建机器学习模型，鉴定时，提取待测肉制品的基因组DNA进行测序，并获得待测肉制品的特异性遗传标签组合中位点的基因型；将待测肉制品的SNP位点的基因型输入机器学习模型进行鉴别；输出鉴别结果。本发明提供的苏农黑猪鉴定方法操作简单、价格低廉、具有很高的准确性，填补了市场的空缺，有效解决了苏农黑猪品系的鉴伪问题。

技术领域

本发明关于一种猪鉴定方法，特别是有关于一种苏农黑猪鉴定方法。

背景技术

苏农黑猪主要分布在江苏高邮等地。由苏钟猪、巴克夏猪、淮猪杂交合成，其中苏钟猪I和II系，以太湖猪作为母本，丹麦长白猪为父本，通过杂交合成组建基础群、群体继代闭锁选育及杂交配套系。苏农黑猪是通过杂交选育、横交固定培育的优质黑猪新品种，具有毛色乌黑、肉质鲜美、适应性强等特点。苏农黑猪的培育是应行业发展及市场需求的多元化，以及人们对优质肉日趋强烈的追求而开展的。苏农黑猪兼有我国黄淮海黑猪肉品质好、抗逆性强的优势，同时融合了外种猪生长速度快、瘦肉率高的部分特征，形成自身肉品质好、抗逆性强、繁殖性能优、瘦肉率适中的特点。

另一方面，苏农黑猪分布区域与淮猪分布区域有重合，生产中存在混淆的情况。通过传统方法将苏农黑猪与其他品种猪区分难度很大，尤其是宰杀后的分割猪及其处理后的肉制品。如何快速准确的鉴别苏农黑猪是目前亟需解决的一个问题，苏农黑猪的鉴定是可靠的食品追溯手段，有利于规范种业发展，推进中国地方猪保护工作。

发明内容

要解决的技术问题：本发明的目的在于提供一种苏农黑猪鉴定方法，对苏农黑猪的品种进行快速鉴别，填补市场空缺，有效解决苏农黑猪品系的鉴伪问题。

技术方案：一种苏农黑猪鉴定方法，包括以下步骤：

S1：采集苏农黑猪的特异性遗传标签组合；

S2：特异性遗传标签组合构成鉴定数据集；

S3：利用鉴定数据集构建机器学习模型；

S4：提取待测肉制品的基因组DNA并进行测序；

S5：获得待测肉制品的特异性遗传标签组合中位点的基因型；

S6：将位点的基因型输入机器学习模型进行鉴别；

S7：输出鉴别结果。

进一步的，所述步骤S1通过线性混合模型对全基因组数据进行全基因组数据关联分析获得品种基因组数据，选取显著值前35的特异性遗传标签组合。

进一步的，所述步骤S1中全基因组数据包括76个地方猪品种，1305个个体。

进一步的，所述步骤S1中线性混合模型表达式为：y=μ+xb+ΣkWikUk+e，其中，y代表个体品种，编码为1或0，当y值为1时代表个体品种为苏农黑猪，当y值为0时代表个体品种为其他，μ是一个固定的均值项，x是位点的基因型变量，b表示两个群体之间的等位基因频率差的函数，ΣkWikUk是模型中其他染色体上的所有SNP位点用来控制群体分化的项，k表示全基因组数据的所有位点，W_ik表示SNP位点的标准化基因型变量，U_k表示对应不同位点的效果大小，e表示残差。