[发明专利]确定细胞谱系的方法、试剂盒和装置

权利要求书

1.一种确定多细胞真核生物中的单细胞线粒体转录组中的变异的方法，其特征在于，该方法基于高通量测序，由以下步骤组成：

a)由来自受试者的样本中的单细胞RNA制备单细胞cDNA，其中所制备的单细胞cDNA中的每一cDNA包含通用PCR引物结合位点、用于确定转录组来源细胞的特征序列、用于确定所述来源细胞中的各转录本的特征序列；

b)当步骤a)的单细胞cDNA上的用于确定转录组来源细胞的特征序列位于5’端时，对步骤a)的单细胞cDNA使用线粒体cDNA 3’端特异性引物和能够结合步骤a)的单细胞cDNA 5’端通用PCR引物结合位点的通用PCR引物通过PCR富集线粒体cDNA；或者

当步骤a)的单细胞cDNA上的用于确定转录组来源细胞的特征序列位于3’端时，对步骤a)的单细胞cDNA使用线粒体cDNA 5’端特异性引物和能够结合步骤a)的单细胞cDNA 3’端通用PCR引物结合位点的通用PCR引物通过PCR富集线粒体cDNA；

c)对步骤b)富集的线粒体cDNA进行Bulk线粒体转录组二代测序和单细胞线粒体全长转录组三代测序，其中，所述Bulk线粒体转录组二代测序是对一个所述样本的多个单细胞的获自步骤b)的线粒体cDNA富集产物实施二代测序，以获得Bulk线粒体转录组二代测序数据；所述单细胞线粒体全长转录组三代测序是对单细胞线粒体转录组中的各转录本实施三代测序，以获得单细胞线粒体全长转录组三代测序数据；

d) 用步骤c)获得的Bulk线粒体转录组二代测序数据中的用于确定转录组来源细胞的特征序列和用于确定所述来源细胞中的各转录本的特征序列的测序数据，对步骤c)获得的单细胞线粒体全长转录组三代测序数据中的用于确定转录组来源细胞的特征序列和用于确定所述来源细胞中的各转录本的特征序列的测序数据进行校正，然后将校正后的单细胞线粒体全长转录组三代测序数据与步骤c)获得的Bulk线粒体转录组二代测序数据中的变异位点数据进行整合，获得线粒体转录组中的变异信息。

2.一种确定多细胞真核生物中的单细胞线粒体转录组中的变异的方法，其特征在于，该方法基于高通量测序，由以下步骤组成：

a)由来自受试者的样本中的单细胞RNA制备单细胞cDNA，其中所制备的单细胞cDNA中的每一cDNA包含通用PCR引物结合位点、用于确定转录组来源细胞的特征序列、用于确定所述来源细胞中的各转录本的特征序列；

b)当步骤a)的单细胞cDNA上的用于确定转录组来源细胞的特征序列位于5’端时，对步骤a)的单细胞cDNA使用线粒体cDNA 3’端特异性引物和能够结合步骤a)的单细胞cDNA 5’端通用PCR引物结合位点的通用PCR引物通过PCR富集线粒体cDNA；或者

当步骤a)的单细胞cDNA上的用于确定转录组来源细胞的特征序列位于3’端时，对步骤a)的单细胞cDNA使用线粒体cDNA 5’端特异性引物和能够结合步骤a)的单细胞cDNA 3’端通用PCR引物结合位点的通用PCR引物通过PCR富集线粒体cDNA；

c)对步骤b)富集的线粒体cDNA进行Bulk线粒体转录组二代测序和单细胞线粒体全长转录组三代测序，其中，所述Bulk线粒体转录组二代测序是对一个所述样本的多个单细胞的获自步骤b)的线粒体cDNA富集产物实施二代测序，以获得Bulk线粒体转录组二代测序数据；所述单细胞线粒体全长转录组三代测序是对单细胞线粒体转录组中的各转录本实施三代测序，以获得单细胞线粒体全长转录组三代测序数据；以及对步骤a)的单细胞cDNA进行单细胞转录组二代测序，以获得单细胞转录组二代测序数据；

d) 用步骤c)获得的单细胞转录组二代测序数据中的用于确定转录组来源细胞的特征序列和用于确定所述来源细胞中的各转录本的特征序列的测序数据，对步骤c)获得的单细胞线粒体全长转录组三代测序数据中的用于确定转录组来源细胞的特征序列和用于确定所述来源细胞中的各转录本的特征序列的测序数据进行校正，然后将校正后的单细胞线粒体全长转录组三代测序数据与步骤c)获得的Bulk线粒体转录组二代测序数据中的变异位点数据进行整合，获得线粒体转录组中的变异信息。

3.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中，步骤a)的单细胞cDNA是通过全转录组扩增产生的。