[发明专利]跨语言平台的空间转录组数据转换方法及系统

说明书

本发明公开了跨语言平台的空间转录组数据转换方法及系统，对第一语言平台的空间转录组数据、单细胞转录组参考数据或空间转录组分析工具产生的中间结果，采用映射文件进行读取和存储；在第二语言平台上，读取存储的结果，继续运行；其中，所述采用映射文件进行读取和存储；具体包括：初始化映射文件；当第一语言平台为R语言平台；则在R语言平台上，实现映射文件与R语言中数据结构的相互转换操作；当第一语言平台为Python语言平台；则在Python平台上，实现映射文件与Python中数据结构的相互转换操作。减少存储空间的消耗，和提供兼容现有数据结构的读写策略，让工作流的构建更加简单，从而发挥不同平台上分析工具的优势。

技术领域

本发明涉及生物信息学转录组测序数据分析技术领域，特别是涉及跨语言平台的空间转录组数据转换方法及系统。

背景技术

本部分的陈述仅仅是提到了与本发明相关的背景技术，并不必然构成现有技术。

近年来，随着空间转录组测序技术和分析技术的发展，越来越多分析空间基因表达数据的第三方工具在R语言和Python语言两个平台下被开发出来，对于研究细胞表达的空间异质性、构建细胞的空间转录组图谱等研究已经取得了一定的成果。

发明人发现，现有的数据结构无法满足在两个空间转录组软件分析平台：R语言和Python上的无损转换，无法满足空间转录组较长工作流的分析需求，也无法简便地将新开发的工具整合到现有的工作流中，开发人员需要在数据格式转换问题上耗费大量时间。

发明内容

为了解决现有技术的不足，本发明提供了跨语言平台的空间转录组数据转换方法及系统；为R语言和Python上的工具提供多种接口，同时减少存储空间的消耗，和提供兼容现有数据结构的读写策略，让工作流的构建更加简单，从而发挥不同平台上分析工具的优势。

第一方面，本发明提供了跨语言平台的空间转录组数据转换方法；

跨语言平台的空间转录组数据转换方法，包括：

对第一语言平台的空间转录组数据、单细胞转录组参考数据或空间转录组分析工具产生的中间结果，采用映射文件进行读取和存储；

在第二语言平台上，读取存储的结果，继续运行；

其中，所述采用映射文件进行读取和存储；具体包括：初始化映射文件；

当第一语言平台为R语言平台；则在R语言平台上，实现映射文件与R语言中数据结构的相互转换操作；

当第一语言平台为Python语言平台；则在Python平台上，实现映射文件与Python中数据结构的相互转换操作。

第二方面，本发明提供了跨语言平台的空间转录组数据转换系统；

跨语言平台的空间转录组数据转换系统，包括：

读取存储模块，其被配置为：对第一语言平台的空间转录组数据、单细胞转录组参考数据或空间转录组分析工具产生的中间结果，采用映射文件进行读取和存储；

运行模块，其被配置为：在第二语言平台上，读取存储的结果，继续运行；

其中，所述采用映射文件进行读取和存储；具体包括：初始化映射文件；

当第一语言平台为R语言平台；则在R语言平台上，实现映射文件与R语言中数据结构的相互转换操作；

当第一语言平台为Python语言平台；则在Python平台上，实现映射文件与Python中数据结构的相互转换操作。

与现有技术相比，本发明的有益效果是：