[发明专利]一种用于多位点可持续使用的基因分型标准品

说明书

本发明属于基因测序标准品技术领域，提供一种用于多位点可持续使用的基因分型标准品，所述标准品包括PTC‑HEX、PTC‑FAM和PTC‑H；其中，PTC‑HEX的PCR产物包括rs25487(G)、rs1042522(C)和rs1048943(A)；PTC‑FAM的PCR产物包括rs25487(A)、rs1042522(G)和rs1048943(T)，PTC‑H的PCR产物包括PTC‑HEX。本标准品经DNA结构改造，可用于多位点SNP分型，可持续使用的基因分型标准品。可通过单引物PCR扩增的方式进行标准品复制，从而使标准品可持续使用，且大大降低了标准品重新制备的成本。

技术领域

本发明属于分子生物学技术基因分型领域，具体公开了一种适用于多位点基因分型的标准品。

背景技术

SNP(Single nucleotide polymorphism)即单核苷酸多态性，是基因组DNA中特定核苷酸位置的单个碱基的转化、转位、插入或缺失引起的点突变，导致群体和个体之间产生差异。随着测序技术和生信分析的快速发展，海量的基因组学数据为SNP分子标记奠定了基础，数以万计的SNP多态性位点正在被不断发掘，并广泛应用于遗传疾病诊断、致病候选基因研究、药物筛选研究、分子标记辅助育种、群体遗传研究等。因此对SNP标记的真实性验证、后续开发利用等变得尤为重要。

常见的SNP位点一般有两种等位基因，又称双等位基因。因此在群体中，每个个体的一个SNP位点一般存在3种基因型：突变前位点的基因型(纯合型1)、突变后位点的基因型(纯合型2)、突变前后位点基因型共存(杂合型)。通常通过SNP检测技术，确定每个个体的每个SNP位点的基因型属于以上三种基因型中的哪一种。常见的SNP的检测平台有3种：高通量测序平台，中通量基因芯片检测平台，底通量电泳检测平台、荧光定量PCR的检测平台、酶标检测平台等。其中低通量SNP检测平台应用最为广泛和普及。

发明内容

低通量SNP检测平台往往需要每个SNP位点的3种基因型的标准品做参考辅助SNP检测。常见的SNP检测标准品有两种：一种从已知基因型样本中筛选出3种基因型样本，做为标准品；另一种是合成已知基因型的基因序列，作为标准品。但这两种标准品面对多位点SNP检测时均存在其弊端：前者由于每个SNP位点需要3种基因型的标准品，导致多位点SNP的标准品，管数众多，存在存储困难，取用易出错等问题；且每一批次标准品使用完后，需重新采样，提取DNA制备标准品，可能存在样本重新获取困难的问题，且增加了DNA提取成本。后者基因合成成本高，尤其是多位点基因合成本更加高昂，标准品使用完后，需再次进行高成本基因合成。

本发明针对现有SNP标准品的不足，力求开发一种低成本，可用于多位点SNP分型，可持续使用的基因分型标准品，且该标准品一套只有3管，易于保存。

一种用于多位点可持续使用的基因分型标准品，包括PTC-HEX、PTC-FAM和PTC-H；其中，PTC-HEX的PCR产物包括rs25487(G)、rs1042522(C)和rs1048943(A)；PTC-FAM的PCR产物包括rs25487(A)、rs1042522(G)和rs1048943(T)，PTC-H的PCR产物包括PTC-HEX，其中：

所述rs25487(G)的基因序列为：5'-[HEX]CGGCTGCCCTCCCGGAGGTAAG[BHQ1]；

所述rs1042522(C)的基因序列为：5'-[HEX]CTGCTCCCCCCGTGGCCCC[BHQ1]；

所述rs1048943(A)的基因序列为：5'-[HEX]CGGTGAGACCATTGCCCGCT[BHQ1]；

所述rs25487(A)的基因序列为：5'-[6FAM]CGGCTGCCCTCCCAGAGGTAAG[BHQ1]；

所述rs1042522(G)的基因序列为：5'-[6FAM]CTGCTCCCCGCGTGGCCCC[BHQ1]；