[发明专利]一种籼粳稻SNP位点基因型检测的方法

权利要求书

1.一种籼粳稻SNP位点基因型检测的方法，其特征在于，其包括：将待测样本的DNA进行全基因组高通量测序，然后分析获取核心SNP位点的基因型；再对SNP位点的基因型进行校正；

所述校正包括：检测在染色体序列的上游100Kb和/或下游100Kb范围内SNP位点的基因型，计算该范围内基因型的分布情况，进行SNP位点基因型的校正；

所述全基因组高通量测序的测序深度为2倍-10倍基因组大小的测序数据。

2.根据权利要求1所述的籼粳稻SNP位点基因型检测的方法，其特征在于，所述校正包括：检测在染色体序列的上游100Kb和/或下游100Kb范围内SNP位点的基因型，计算该范围内基因型的分布情况，进行SNP位点基因型的校正。

3.根据权利要求1或2所述的籼粳稻SNP位点基因型检测的方法，其特征在于，所述全基因组高通量测序的测序深度为2倍-6倍基因组大小的测序数据。

4.根据权利要求3所述的籼粳稻SNP位点基因型检测的方法，其特征在于，所述全基因组高通量测序的测序深度为2倍-4倍基因组大小的测序数据。

5.根据权利要求1所述的籼粳稻SNP位点基因型检测的方法，其特征在于，所述分析获取SNP位点的基因型包括：采用bwa比对软件对双末端序列进行比对，使用python程序检测对应SNP位点的基因型，获取测序样本对应碱基位置的SNP位点基因型。

6.根据权利要求5所述的籼粳稻SNP位点基因型检测的方法，其特征在于，python程序选自mpileup程序。

7.根据权利要求5所述的籼粳稻SNP位点基因型检测的方法，其特征在于，对双末端序列进行比对的策略选择aln方法和/或mem方法，参数选择默认参数。

8.根据权利要求7所述的籼粳稻SNP位点基因型检测的方法，其特征在于，对双末端序列进行比对后，还包括使用samtools的sort功能对双末端序列比对后的序列进行整理排序。

9.根据权利要求1所述的籼粳稻SNP位点基因型检测的方法，其特征在于，将待测样本的DNA先构建双末端测序文库，质检后选择质检合格的DNA文库进行全基因组高通量测序。

10.根据权利要求9所述的籼粳稻SNP位点基因型检测的方法，其特征在于，所述质检是采用qPCR方法和Agilent 2100Bioanalyzer生物分析仪进行质检。