[发明专利]一种用于新冠病毒D614G突变的检测方法及试剂盒

说明书

本发明公开一种用于新冠病毒D614G突变的检测方法及试剂盒，属于生物技术领域。本发明通过LbaCas12/crRNA系统的单碱基分辨率能力，通过分别设计针对新冠病毒的非突变的靶点D614和突变靶点G614的614‑crRNA‑W以及614‑crRNA‑M，对样品分子进行检测，只需要一台PCR仪或者恒温装置和简易荧光读取装置，当使用两个crRNA分别检测同一个样品的时候，可快速、有效区分待测核酸样品是非突变株还是突变株，同时具有高特异性、高灵敏度以及低成本的特点，更加广泛适用于各种分子诊断实验室。本发明可快速有效地区分新冠病毒非突变株和突变株，对新冠病毒疫情防控具有重要意义。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及一种用于检测新冠病毒(SARS-CoV-2)D614G突变的快速检测方法及试剂盒，具体是利用Cas12a/crRNA特异性快速检测SARS-CoV-2变异株的D614G突变。

背景技术

如今，随着新冠感染人数的增多，SARS-CoV-2突变也逐渐增加。该SARS-CoV-2病毒在人群中的大流行会导致突变的出现并积累，从而改变发病机制、毒性和/或传播性的突变。最近的研究发现，SARS-CoV-2毒株的刺突糖蛋白(S蛋白)中，在614号位编码天冬氨酸(D)的基因突变成了编码甘氨酸(G)的基因，即：D614G。该突变最早发现于英国的SARS-CoV-2变异株中，并很快在全球扩散，成为现今主要流行的突变株。而且，研究表明D614G比疫情最初流行的野生型病毒株复制更快速，更易传播。原因在于，D614G突变增强S蛋白切割能力，其结合ACE2并融合进入细胞的可能性更大。这使得病毒有更强感染能力，极大增强其在人群中的传染性。另外，该突变还可使康复患者血清中和效应大幅降低，增大了COVID-19的后续治疗难度。

总而言之，新冠病毒S蛋白的D614G突变改变了S蛋白甚至是整个病毒的免疫原性，进而降低了康复期患者血清对病毒的敏感性。亟需一种快速高效识别新冠病毒D614G突变的方法。但目前，检测新冠病毒突变的主要方法仍然是通过全基因组测序(WGS)或者sanger测序的方法进行，不仅速度慢且不适合所有分子诊断实验室。因此，开发一种快速的、灵敏的、便捷的、低成本的新冠病毒突变检测方法及试剂盒对于本领域疫情防控、新冠突变株的早期发现具有重要意义。

发明内容

为了克服现有技术的缺点与不足，本发明的目的在于提供一种用于新冠病毒D614G突变的检测试剂盒。

本发明的另一目的在于提供一种用于新冠病毒D614G突变的检测方法。该方法是一种利用LbaCas12a/crRNA系统进行新冠病毒D614G突变的检测方法。

本发明的目的通过下述技术方案实现：

一种用于新冠病毒D614G突变的快速检测试剂盒，包括LbaCas12a、针对非突变株D614的特异性614-crRNA-W序列、针对突变株G614的特异性614-crRNA-M序列、针对新冠病毒和突变株特征序列的RT-RAA引物或RT-PCR引物、报告单链DNA分子；

为了更好的实现本发明，所述试剂盒可结合RT-RAA、RT-RPA等恒温扩增技术或着逆转录PCR(RT-PCR)技术进行新冠病毒核酸的逆转录以及扩增；

优选的，所述试剂盒还包括A Buffer、NEBuffer2.1、RNase Inhibitor、冻干RT-RAA反应微球、MgAc。

所述的D614的特异性614-crRNA-W序列如SEQ ID NO：1所示，G614的特异性614-crRNA-M序列如SEQ ID NO：2所示；

所述的针对新冠病毒和突变株特征序列的RT-RAA引物为614-RT-RAA-primer F/R引物组(SEQ ID NO：3～4)；

所述的针对新冠病毒和突变株特征序列的RT-PCR引物为614-RT-PCR-primer F/R引物组(SEQ ID NO：5～6)；