[发明专利]用于检测番茄根结线虫抗性的SNP位点组合及其应用

权利要求书

1.一种试剂在检测或辅助检测番茄根结线虫抗性的应用，其特征在于，所述试剂用于检测SNP位点或SNP位点组合的基因型，所述SNP位点或SNP位点组合包括位于番茄根结线虫抗性基因Mi-1内部及两侧的以下SNP01位点、SNP04位点以及SNP08位点中的一种或多种：

SNP01位点，位于番茄Heinz 1706参考基因组SL2.50版本06号染色体上第2359017个核苷酸位点，其碱基为T或C，其中，T为感病基因型，C为抗病基因型；

SNP04位点，位于番茄Heinz 1706参考基因组SL2.50版本06号染色体上第2357725个核苷酸位点，其碱基为C或G，其中，C为感病基因型，G为抗病基因型；

SNP08位点，位于番茄Heinz 1706参考基因组SL2.50版本06号染色体上第2354549个核苷酸位点，其碱基为A或G，其中，A为感病基因型，G为抗病基因型。

2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述SNP位点组合还包括以下SNP位点的一个或多个：

SNP02位点，位于番茄Heinz 1706参考基因组SL2.50版本06号染色体上第2359427个核苷酸位点，其碱基为C或T；

SNP03位点，位于番茄Heinz 1706参考基因组SL2.50版本06号染色体上第2357937个核苷酸位点，其碱基为C或G；

SNP05位点，位于番茄Heinz 1706参考基因组SL2.50版本06号染色体上第2356533个核苷酸位点，其碱基为A或T；

SNP06位点，位于番茄Heinz 1706参考基因组SL2.50版本06号染色体上第2356449个核苷酸位点，其碱基为A或T；

SNP07位点，位于番茄Heinz 1706参考基因组SL2.50版本06号染色体上第2355234个核苷酸位点，其碱基为A或G；

SNP09位点，位于番茄Heinz 1706参考基因组SL2.50版本06号染色体上第2354363个核苷酸位点，其碱基为G或A。

3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述SNP01位点～SNP09位点及其各自的侧翼序列分别如SEQ ID No：1～9所示，所述SNP01位点～SNP09位点分别位于所述SEQ ID No：1～9序列中的第102位。

4.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述应用包括：

（1）在制备检测或辅助检测番茄根结线虫抗性的产品中的应用；

（2）在番茄根结线虫抗性育种中的应用；

（3）在番茄种质资源及新品种鉴定中的应用。

5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述应用采用以下技术手段进行：

检测所述的SNP位点组合中的一个或多个SNP位点的多态性或基因型，检测方法包括飞行质谱、液相色谱、重测序、靶向测序和多重PCR测序中的一种或多种。

6.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述应用采用以下技术手段进行：

利用所述的SNP位点组合中的一个或多个SNP位点的序列信息开发PCR标记和/或基因芯片，所述PCR标记包括PCR-RFLP标记、TaqMan标记、KASP标记、AS-PCR标记和HRM标记中的一种或多种。

7.一种引物组合的应用，所述应用为在检测或辅助检测番茄根结线虫抗性中的应用、或在制备检测或辅助检测番茄根结线虫抗性的产品中的应用、或在番茄根结线虫抗性育种中的应用，其特征在于，所述引物组合用于扩增权利要求1所述的SNP位点组合，所述引物组合包括以下引物组01～03中的一组或多组：

引物组01：SEQ ID No：10～12序列，用于扩增所述SNP01位点的引物；

引物组02：SEQ ID No：13～15序列，用于扩增所述SNP04位点的引物；

引物组03：SEQ ID No：16～18序列，用于扩增所述SNP08位点的引物。