[发明专利]小麦千粒重性状相关SNP位点及其应用

说明书

本发明公开了一种小麦千粒重性状相关SNP位点及其应用，包括用于鉴定或辅助鉴定小麦千粒重性状的试剂盒、引物、相关的分子标记，以及上述元素在鉴定或辅助鉴定小麦千粒重性状中的用途。本发明为小麦的分子标记辅助选择育种提供了一个新方法，在培育高产小麦品种和研究中具有重要意义。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，尤其涉及一种与小麦千粒重相关的SNP位点及其应用。

背景技术

小麦(Triticum aestivum L)是我国乃至全世界着重要的粮食作物之一，提升小麦产量来满足日渐增长的粮食需求。千粒重是小麦单株产量构成的三大要素之一，对小麦产量有重要的影响，因此粒重是小麦高产稳产的关键性状之一,有复杂的数量遗传特征，其相关基因的克隆和鉴定是分子遗传改良的基础。因此，挖掘调控千粒重的优异等位变异并开发功能标记在小麦千粒重改良和小麦高产稳产中具有重要的应用价值。

目前，研究者已经定位了大量调控千粒重的QTL。胡文静等利用重组自交系共检测到2个与粒重相关的QTL,分别位于1BL和6AL上。张亚伦等利用春小麦Avocet/Sujata重组自交系群体，在4个环境下共检测到11个与千粒重相关的QTL，分别位于2AL、5AL、6AL、3BL、4BL。杨莉等利用中麦871/中麦895RIL群体266份家系为材料在1AL、2BS、3AL和5B染色体上发现了与千粒重及其相关性状显著关联的位点。关攀峰等利用普通冬小麦农大3338(ND3338)和京冬6号(JD6)衍生的DH群体,在4A染色体长臂上定位了一个多环境稳定表达的千粒重主效QTL。

尽管目前已经定位了如此大量的与小麦千粒重相关的QTL，但大多QTL的遗传效应仍不清楚。

发明内容

本发明要解决的技术问题是提供一种小麦千粒重性状相关SNP位点及其应用。

为解决上述技术问题，本发明所采取的技术方案如下。

一种鉴定或辅助鉴定小麦千粒重的方法，该方法包括如下步骤：

A、对待测小麦基因组DNA中任意一段包含如下SNP位点的DNA片段进行PCR扩增和鉴定；所述SNP位点对应于SEQ ID NO.1所示序列自5’末端第2666位碱基；

B、基于步骤A中的扩增产物确定待测小麦的基因型；

C、根据待测小麦的基因型鉴定或辅助鉴定待测小麦的千粒重性状。

作为本发明的一种优选技术方案，该方法包括如下步骤：

A、对待测小麦基因组DNA中任意一段包含如下SNP位点的DNA片段进行PCR扩增，并将该PCR扩增产物进行酶切鉴定；所述SNP位点对应于SEQ ID NO.1所示序列自5’末端第2666位碱基；

B、确定待测小麦的基因型，所述SNP位点处的核苷酸为G/G纯合时，相对应的基因型是甲；所述SNP位点处的核苷酸为A/A纯合时，相对应的基因型是乙；

C、根据待测小麦基因型按照如下标准确定待测小麦的千粒重性状：基因型甲纯合小麦的千粒重小于/候选小于基因型乙纯合小麦的千粒重。

作为本发明的一种优选技术方案，步骤A中，所述的PCR扩增的DNA片段为SEQ IDNO.1中5’末端2636-2877bp。

作为本发明的一种优选技术方案，步骤A中，所述的PCR扩增的特异性引物对为SEQID NO.2、SEQ ID NO.3组成的引物对1F和1R，和/或SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5组成的引物对2F和2R。

作为本发明的一种优选技术方案，步骤A中，所述的酶切包括以下步骤：以小麦基因组DNA为模板，以引物1F和1R为引物对扩增得到PCR产物；将此PCR产物稀释10倍，以其作为模板，以引物2F和2R为引物对扩增得到PCR产物；用限制性内切酶SalI酶切PCR产物。