[发明专利]一种黄牛ACTR3基因CNV标记辅助检测生长性状的方法及其应用

权利要求书

1.一种检测牛ACTR3基因拷贝数变异的方法，其特征在于：包括以下步骤：

以牛基因组DNA为模板，以引物对P1及引物对P2为引物，分别通过实时荧光定量PCR扩增ACTR3基因的拷贝数变异区域及作为内参的BTF3基因的部分片段，然后根据定量结果确定ACTR3基因的拷贝数变异类型；

所述引物对P1为：

上游引物F1：5′-GGCCGTGGATGATCAGATAGC-3′

下游引物R1：5′-CTGTGGTTCCGTATTTCCAGCA-3′；

所述引物对P2为：

上游引物F2：5′-AACCAGGAGAAACTCGCCAA-3′

下游引物R2：5′-TTCGGTGAAATGCCCTCTCG-3′；

所述ACTR3基因的拷贝数变异区域位于牛ACTR3基因候选区域Chr2:66138801-66140400，参考序列为AC_000159.1；

所述拷贝数变异类型是根据-ΔΔCt将定量结果分为的三类：多拷贝型，-ΔΔCt0.5，并按拷贝数CN细分为CN＝3、4或CN≥5的拷贝数不同的多拷贝型；缺失型，-ΔΔCt-0.5，并按拷贝数CN细分为CN＝0或CN＝1的拷贝数不同的缺失型；正常型，-0.5≤-ΔΔCt≤0.5，按拷贝数CN对应为CN＝2；

所述牛为云岭牛。

2.根据权利要求1所述一种检测牛ACTR3基因拷贝数变异的方法，其特征在于：所述实时荧光定量PCR的扩增反应体系包括10～50ng/μL模板DNA1μL以及10μmol/L的引物对P1或引物对P2所对应的上、下游引物各0.5μL。

3.根据权利要求1所述一种检测牛ACTR3基因拷贝数变异的方法，其特征在于：所述实时荧光定量PCR的反应程序包括以下步骤：95℃预变性10min；95℃变性15s，60℃退火1min，共39个循环。

4.根据权利要求1所述一种检测牛ACTR3基因拷贝数变异的方法，其特征在于：基于引物对P1扩增的PCR产物片段大小为185bp，基于引物对P2扩增的PCR产物片段大小为166bp。

5.如权利要求1-4中任意一项权利要求所述的方法在牛分子标记辅助选择育种中的应用，其特征在于：在云岭牛群体中，拷贝数变异类型为多拷贝型、且CN＝3的个体在生长性状体高、臀围上较优。

6.一种检测牛ACTR3基因拷贝数变异的试剂盒，其特征在于：该试剂盒包括用于分别通过实时荧光定量PCR扩增牛ACTR3基因拷贝数变异区域及作为内参的BTF3基因的部分片段的引物对P1及引物对P2，根据定量结果确定ACTR3基因的拷贝数变异类型；

所述引物对P1为：

上游引物F1：5′-GGCCGTGGATGATCAGATAGC-3′

下游引物R1：5′-CTGTGGTTCCGTATTTCCAGCA-3′；

所述引物对P2为：

上游引物F2：5′-AACCAGGAGAAACTCGCCAA-3′

下游引物R2：5′-TTCGGTGAAATGCCCTCTCG-3′；

所述ACTR3基因拷贝数变异区域位于牛ACTR3基因候选区域Chr2:66138801-66140400，参考序列为AC_000159.1；

所述拷贝数变异类型是根据-ΔΔCt将定量结果分为的三类：多拷贝型，-ΔΔCt0.5，并按拷贝数CN细分为CN＝3、4或CN≥5的拷贝数不同的多拷贝型；缺失型，-ΔΔCt-0.5，并按拷贝数CN细分为CN＝0或CN＝1的拷贝数不同的缺失型；正常型，-0.5≤-ΔΔCt≤0.5，按拷贝数CN对应为CN＝2；

所述牛为云岭牛。