[发明专利]与长白猪总乳头数相关的SNP分子标记及其应用和获取方法

说明书

本发明涉及分子标记技术领域，特别涉及一种与长白猪总乳头数相关的SNP分子标记及其应用和获取方法，该SNP分子标记通过采集长白猪耳样，提取DNA并进行质量检测，进行基因分型得到SNP分型数据，获得‑种与长白猪总乳头数相关的分子标记，该SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，在序列的第101位碱基处存在一个A/G的等位基因突变，引起所示序列的核苷酸产生多态性，当该核苷酸序列上的第101位核苷酸为G时，长白猪有更多的总乳头数。

技术领域

本发明涉及分子生物标记技术和遗传育种领域，具体涉及一种与长白猪总乳头数相关的SNP分子标记及其应用和获取方法。

背景技术

猪乳头数性状属中等遗传力(h2)性状(0.22h20.41)，其数目与产仔数有较强的相关性。(许儒祥,卫宁,杨公社,等.猪乳头数性状QTL研究进展[J].家畜生态学报,2013,34(11):1-5.)该性状，可以直接影响母猪的泌乳率和仔猪成活率，是育种中遗传改良的重要指标。(周李生,赵为民,涂枫,等.猪乳头性状生理学和遗传学研究进展[J].遗传,2019,41(5):384-390.)。产仔数的遗传改良已取得实质性进展，随着产仔数的增加，母猪的奶头数量也必须增加，才能够满足需求(Felleki M,Lundeheim N.Genetic heteroscedasticityof teat count in pigs[J].J Anim Breed Genet,2015,132(5):392-8.)。

全基因组关联分析(genome-wide association studies，GWAS)是一种综合了遗传学、统计学和计算机科学，利用全基因组范围内筛选出的高密度的分子标记，对所研究的对象群体进行全基因组范围内的扫描，通过统计学方法分析扫描所得的分子标记数据与表型性状之间的关联，然后结合遗传学知识对表型性状的遗传变异或影响表型性状的相关候选基因进行分析鉴定的方法。(谢健,喻昌燕,许瑶,等.可乐猪乳头数性状全基因组关联分析[J].中国畜牧兽医,2016,43(11):2866-2872.)随着高密度SNP标记的高通量检测技术的发展，全基因组关联分析(GWAS)已成为鉴定畜禽重要经济性状基因的重要途径。(李聪,孙东晓,姜力,等.奶牛重要经济性状全基因组关联分析研究进展[J].遗传,2012,34(5):545-550.)奶头数量限制了母猪可以有效哺乳的仔猪数，Lee JB等通过全基因组关联分析(GWAS)，鉴定了影响长白猪和韩国本地猪杂交种群F2中奶头数量的SNP标记。(Lee JB,JungEJ,Park HB,et al.Genome-wide association analysis to identify SNP markersaffecting teat numbers in an F2 intercross population between Landrace andKorean native pigs[J].Mol Biol Rep,2014,41(11):7167-73.)

本专利使用412头长白猪耳样，提取DNA并进行质量检测，由GeneSeek Porcine50K SNP高密度芯片进行基因分型得到基因型数据，使用R语言的MVP包(X Liu etal.Iterative Usage of Fixed and Random Effect Models for Powerful andEfficient Genome-Wide Association Studies[J].Plos Genetics,2016,12(2):e1005767.；Yin L,Zhang H,Tang Z,et al.rmvp:A memory-efficient,visualization-enhanced,and parallel-accelerated tool for genome-wide association study[J].bioRxiv,2020.)，结合MLM、GLM和FarmCPU模型，筛选出与长白猪总乳头数相关的SNP分子标记，为长白猪总乳头数的选择和提高提供新的分子标记，对猪的育种具有重要意义。本发明筛选的SNP分子标记与长白猪总乳头数的相关性达到显著水平，为总乳头数性状的相关研究提供新的遗传基础。

发明内容