[发明专利]VI-E型和VI-F型CRISPR-Cas系统及其用途

权利要求书

1.一种成簇的规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)-Cas复合物，所述复合物包含：

(1)RNA指导序列，其包含能够与靶RNA杂交的间隔序列以及在所述间隔序列的3'的同向重复(DR)序列；和

(2)CRISPR相关蛋白(Cas)或所述Cas的衍生物或功能性片段，所述CRISPR相关蛋白具有SEQ ID NO:1-7中的任一者的氨基酸序列；

其中所述Cas、所述Cas的衍生物和功能性片段能够(i)与所述RNA指导序列结合，并且(ii)靶向所述靶RNA，

条件是当所述复合物包含SEQ ID NO:1-7中的任一者的Cas时，所述间隔序列与天然存在的噬菌体核酸不是100％互补。

2.如权利要求1所述的CRISPR-Cas复合物，其中所述DR序列具有与SEQ ID NO:8-14中的任一者的二级结构基本相同的二级结构。

3.如权利要求1所述的CRISPR-Cas复合物，其中所述DR序列由SEQ ID NO:8-14中的任一者编码。

4.如权利要求1、2或3所述的CRISPR-Cas复合物，其中所述靶RNA由真核DNA编码。

5.如权利要求4所述的CRISPR-Cas复合物，其中所述真核DNA是非人哺乳动物DNA、非人灵长类动物DNA、人DNA、植物DNA、昆虫DNA、鸟DNA、爬行动物DNA、啮齿动物DNA、鱼DNA、蠕虫/线虫DNA、酵母DNA。

6.如权利要求1-5中任一项所述的CRISPR-Cas复合物，其中所述靶RNA是mRNA。

7.如权利要求1-6中任一项所述的CRISPR-Cas复合物，其中所述间隔序列在15-60个核苷酸之间、在25-50个核苷酸之间、或为约30个核苷酸。

8.如权利要求1-7中任一项所述的CRISPR-Cas复合物，其中所述间隔序列与所述靶RNA是90％-100％互补。

9.如权利要求1-8中任一项所述的CRISPR-Cas复合物，其中所述衍生物包含SEQ IDNO:1-7中的任一者的一个或多个残基的保守氨基酸取代。

10.如权利要求9所述的CRISPR-Cas复合物，其中所述衍生物仅包含保守氨基酸取代。

11.如权利要求1-10中任一项所述的CRISPR-Cas复合物，其中所述衍生物在HEPN结构域或RXXXXH基序中具有与SEQ ID NO:1-7中的任一者的野生型Cas相同的序列。

12.如权利要求1-9中任一项所述的CRISPR-Cas复合物，其中所述衍生物能够与杂交至所述靶RNA的RNA指导序列结合，但由于所述Cas的RNA酶催化位点突变而不具有RNA酶催化活性。

13.如权利要求12所述的CRISPR-Cas复合物，其中所述衍生物具有不超过210个残基的N-末端缺失、和/或不超过180个残基的C-末端缺失。

14.如权利要求13所述的CRISPR-Cas复合物，其中所述衍生物具有约180个残基的N-末端缺失、和/或约150个残基的C-末端缺失。

15.如权利要求12-14中任一项所述的CRISPR-Cas复合物，其中所述衍生物进一步包含RNA碱基编辑结构域。

16.如权利要求15所述的CRISPR-Cas复合物，其中所述RNA碱基编辑结构域是腺苷脱氨酶，如双链RNA特异性腺苷脱氨酶(例如，ADAR1或ADAR2)；载脂蛋白B mRNA编辑酶，催化多肽样(APOBEC)；或激活诱导的胞苷脱氨酶(AID)。